SAXSdb — 9ka5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–317	突变：C112Q	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris Bicine, PH8.5, 10% w/v PEG 20000	分辨率 1.42 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9KA5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EBL THE 1.8 A CRYSTAL STRUCTURE AND ACTIVE SITE ARCHITECTURE OF BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE III (FABH) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.8-2.0 M ammonium sulphate, 2% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1HN9 CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III 提交 2000-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEK4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1HND CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III-COA COMPLEX 提交 2000-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	未记录	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
1HNH CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III + DEGRADED FORM OF ACETYL-COA 提交 2000-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEK4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1HNJ CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III + MALONYL-COA 提交 2000-12-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 MLC MALONYL-COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.46 Å R-free 0.193
1HNK CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III, APO TETRAGONAL FORM 提交 2000-12-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1MZS CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III WITH BOUND dichlorobenzyloxy-indole-carboxylic acid inhibitor 提交 2002-10-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 669 1-(5-CARBOXYPENTYL)-5-(2,6-DICHLOROBENZYLOXY)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；20% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
1MZS CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III WITH BOUND dichlorobenzyloxy-indole-carboxylic acid inhibitor 提交 2002-10-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 669 1-(5-CARBOXYPENTYL)-5-(2,6-DICHLOROBENZYLOXY)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；278 K；20% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
2EFT Methanethiol-CYS 112 inhibition complex of E. coli ketoacyl synthase III (FABH) and Coenzyme A (high concentration (1.7mM) soak) 提交 2007-02-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 COA COENZYME A × 1 MEE METHANETHIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.7M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 100MM NA HEPES, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2GYO Methanethiol-Cys 112 Inhibition Complex of E. Coli Ketoacyl Synthase III (FabH) and Coenzyme A 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	COA COENZYME A × 1 MEE METHANETHIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；1.7M ammonium sulfate, 2% PEG400, 100 mM Na Hepes (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
3IL9 Structure of E. coli FabH 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；12% PEG 3350, 5 mM calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2 mM TCEP and 1% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.85 Å R-free 0.213
5BNM E. coli FabH with Small Molecule Inhibitor 1 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 4VK N-{[3'-(hydroxymethyl)biphenyl-4-yl]methyl}benzenesulfonamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；14% PEG 4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Tris	分辨率 1.70 Å R-free 0.269
5BNR E. coli Fabh with small molecule inhibitor 2 提交 2015-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	未记录	4VL 1-{5-[2-fluoro-5-(hydroxymethyl)phenyl]pyridin-2-yl}piperidine-4-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；14% PEG 4000, magnesium chloride, 0.1 M Tris	分辨率 1.89 Å R-free 0.245
5BNS E. coli Fabh with small molecule inhibitor 2 提交 2015-05-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	4VM 1-{5-[2-fluoro-5-(hydroxymethyl)phenyl]pyridin-2-yl}-N-(quinolin-6-ylmethyl)piperidine-4-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；14% PEG 4000, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 m Tris	分辨率 2.20 Å R-free 0.287
6X7R E. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) in complex with oxa(dethia)-coenzyme A 提交 2020-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	未记录	UT7 oxa(dethia)-CoA × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；75 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES:NaOH, pH 7.5, 23% PEG3350, 1.5% DMSO	分辨率 1.35 Å R-free 0.176
8D1U E. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) with an acetylated cysteine and in complex with oxa(dethia)-Coenzyme A 提交 2022-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UT7 oxa(dethia)-CoA × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75 mM Magnesium Chloride, 20% PEG 6000, 3% PEG 400	分辨率 1.30 Å R-free 0.167
9KA2 Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabH from E. coli 提交 2024-10-28	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris Bicine, PH8.5, 10% w/v PEG 20000	分辨率 1.50 Å R-free 0.198
9KA6 Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabH C112Q in complex with acyl-ACP from E. coli 提交 2024-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	突变：C112Q 突变：C112Q	6VG ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] ethanethioate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0M sodium chloride,0.1M HEPES PH7.0	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
9KA7 Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabH C112Q in complex with malonyl-ACP from E. coli 提交 2024-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	突变：C112Q 突变：C112Q	A1EE0 3-[2-[3-[[(2R)-4-bis(oxidanyl)phosphanyloxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-3-oxidanylidene-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.0M sodium chloride,0.1M HEPES PH7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.207

共 18 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FABH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–337； UniProt 1–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ka5
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabH C112Q from E. coli
关键词 keywords	beta-ketoacyl-ACP synthase FabH, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.80 Å
零角强度 I(0) i0	19954700.00
分子量 molecular_weight	33511.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41802 Å³
包络体积 envelope_volume	48128 Å³
水化壳体积 shell_volume	20975 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.9 Å
壳层 Rg shell_rg	25.63 Å
包络 Rg envelope_rg	19.17 Å
形状 Rg shape_rg	18.79 Å
总 Rg total_rg	19.73 Å
总原子数 total_atoms	2353
残基数 n_residues	317
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.178
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4084000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.978

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	72.481 Å
晶胞边长 b length_b	72.481 Å
晶胞边长 c length_c	101.122 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.420 Å
最低分辨率 resolution_low	30.870 Å
R 因子 r_factor	0.1745
R_work r_work	0.1736
R_free r_free	0.1917

描述 description	Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
分子量 formula_weight	35743.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.180
突变 mutation	C112Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2694

Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase FabH C112Q from E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	318

fit	/app/data/saxs_computation/ka/9ka5/9ka5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ka/9ka5/9ka5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ka/9ka5/9ka5.dat