SAXSdb — 9kee

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactoylglutathione lyase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–184 链 B； UniProt 1–184	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1L5R 1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.08 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9KEE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BH5 HUMAN GLYOXALASE I Q33E, E172Q DOUBLE MUTANT 提交 1998-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）链 B 1–183（183 aa）	突变：Q33E, E172Q 突变：Q33E, E172Q	ZN ZINC ION × 2 GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM PEG 2000 MONOMETHLY ETHER 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
1BH5 HUMAN GLYOXALASE I Q33E, E172Q DOUBLE MUTANT 提交 1998-06-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–183（183 aa）链 D 1–183（183 aa）	突变：Q33E, E172Q 突变：Q33E, E172Q	ZN ZINC ION × 2 GTX S-HEXYLGLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM PEG 2000 MONOMETHLY ETHER 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
1FRO HUMAN GLYOXALASE I WITH BENZYL-GLUTATHIONE INHIBITOR 提交 1997-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–184（183 aa）链 B 2–184（183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GSB S-BENZYL-GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
1FRO HUMAN GLYOXALASE I WITH BENZYL-GLUTATHIONE INHIBITOR 提交 1997-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–184（183 aa）链 D 2–184（183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GSB S-BENZYL-GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
1QIN HUMAN GLYOXALASE I COMPLEXED WITH S-(N-HYDROXY-N-P-IODOPHENYLCARBAMOYL) GLUTATHIONE 提交 1999-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）链 B 1–183（183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GIP S-(N-HYDROXY-N-IODOPHENYLCARBAMOYL)GLUTATHIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY EQILLABRATION AGAINST PEG 2000 MONOMETHLY ETHER, 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL. HIPC-GSH WAS PRESENT IN THE PROTEIN SOLUTION	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1QIP HUMAN GLYOXALASE I COMPLEXED WITH S-P-NITROBENZYLOXYCARBONYLGLUTATHIONE 提交 1999-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–183（183 aa）链 B 1–183（183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GNB S-P-NITROBENZYLOXYCARBONYLGLUTATHIONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY EQILLABRATION AGAINST PEG 2000 MONOMETHLY ETHER, 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL THEN SOAKED IN 10MM NBC-GSH	分辨率 1.72 Å R-free 0.210
1QIP HUMAN GLYOXALASE I COMPLEXED WITH S-P-NITROBENZYLOXYCARBONYLGLUTATHIONE 提交 1999-06-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–183（183 aa）链 D 1–183（183 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GNB S-P-NITROBENZYLOXYCARBONYLGLUTATHIONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY EQILLABRATION AGAINST PEG 2000 MONOMETHLY ETHER, 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL THEN SOAKED IN 10MM NBC-GSH	分辨率 1.72 Å R-free 0.210
3VW9 Human Glyoxalase I with an N-hydroxypyridone inhibitor 提交 2012-08-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 HPJ 1-hydroxy-6-[1-(3-methoxypropyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl]-4-phenylpyridin-2(1H)-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25%(w/v) PEG 2000 MME, 10%(v/v) Glycerol, 0.1M Na-HEPES (pH 7.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.47 Å R-free 0.193
3W0T Human Glyoxalase I with an N-hydroxypyridone derivative inhibitor 提交 2012-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 HPU N-[3-(1-hydroxy-6-oxo-4-phenyl-1,6-dihydropyridin-2-yl)phenyl]methanesulfonamide × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；33% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Na-HEPES (pH 7.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.197
3W0T Human Glyoxalase I with an N-hydroxypyridone derivative inhibitor 提交 2012-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–184（184 aa）链 D 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 HPU N-[3-(1-hydroxy-6-oxo-4-phenyl-1,6-dihydropyridin-2-yl)phenyl]methanesulfonamide × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；33% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Na-HEPES (pH 7.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.197
3W0U human Glyoxalase I with an N-hydroxypyridone inhibitor 提交 2012-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 HPW N-[3-(1-Hydroxy-6-oxo-4-phenyl-1,6-dihydro-pyridin-2-yl)-5-methanesulfonylamino-phenyl]-methanesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 2000 MME, 10%(v/v) Glycerol, 0.1M Na-HEPES (pH 7.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.242
7WSZ human glyoxalase I (with C-ter His tag) in glycerol-bound form 提交 2022-02-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 BO3 BORIC ACID × 3 IMD IMIDAZOLE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MIB (sodium malonate, imidazole, and boric acid), 25% PEG1500	分辨率 1.52 Å R-free 0.187
7WT0 human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with TLSC702 提交 2022-02-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 5ZO (~{E})-3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-4-(4-methoxyphenyl)but-3-enoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
7WT1 human glyoxalase I (with C-ter His tag) in inhibitor-free form 提交 2022-02-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 0.1 M MES-NaOH, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
7WT2 human glyoxalase I in complex with TLSC702 提交 2022-02-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 5ZO (~{E})-3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-4-(4-methoxyphenyl)but-3-enoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
9KEG human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 2 提交 2024-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	A1L5R 1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M MES, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
9KEH human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B and GSH, form 3 提交 2024-11-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1L5R 1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.193
9KEI human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 4 提交 2024-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	A1L5R 1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M MES, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.238
9KEK human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with piceatannol 提交 2024-11-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–184（184 aa）链 B 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PIT PICEATANNOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.11 Å R-free 0.233
9KEK human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with piceatannol 提交 2024-11-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–184（184 aa）链 D 1–184（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 PIT PICEATANNOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 25%(w/v) PEG 3350	分辨率 2.11 Å R-free 0.233

共 15 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LGUL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184 作者链 B； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kee
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 1
关键词 keywords	glyoxalase i, zinc metalloenzyme, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.59 Å
零角强度 I(0) i0	26952400.00
分子量 molecular_weight	40386.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50696 Å³
包络体积 envelope_volume	57692 Å³
水化壳体积 shell_volume	23682 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.88 Å
包络 Rg envelope_rg	19.90 Å
形状 Rg shape_rg	19.59 Å
总 Rg total_rg	20.50 Å
总原子数 total_atoms	5603
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7430
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.071
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.490
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6409000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.301; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lactoylglutathione lyase
分子量 formula_weight	21874.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5740

MAEPQPPSGGLTDEAALSCCSDADPSTKDFLLQQTMLRVKDPKKSLDFYTRVLGMTLIQKCDFPIMKFSLYFLAYEDKNDIPKEKDEKIAWALSRKATLELTHNWGTEDDETQSYHNGNSDPRGFGHIGIAVPDVYSACKRFEELGVKFVKKPDDGKMKGLAFIQDPDGYWIEILNPNKMATLMLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one
分子量 formula_weight	286.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.258 Å
晶胞边长 b length_b	66.149 Å
晶胞边长 c length_c	42.068 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	19.875 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1663
R_free r_free	0.2338

fit	/app/data/saxs_computation/ke/9kee/9kee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/9kee/9kee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/9kee/9kee.dat

human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactoylglutathione lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction