9keg

human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9keg
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	human glyoxalase I (with C-ter His tag) in complex with licochalcone B, form 2
关键词 keywords	glyoxalase i, zinc metalloenzyme, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.62 Å
零角强度 I(0) i0	53240400.00
分子量 molecular_weight	38303.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37174 Å³
包络体积 envelope_volume	58428 Å³
水化壳体积 shell_volume	23894 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.00 Å
包络 Rg envelope_rg	19.93 Å
形状 Rg shape_rg	19.59 Å
总 Rg total_rg	20.36 Å
总原子数 total_atoms	2880
残基数 n_residues	352
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6636
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.090
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Lactoylglutathione lyase
分子量 formula_weight	21874.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3095

MAEPQPPSGGLTDEAALSCCSDADPSTKDFLLQQTMLRVKDPKKSLDFYTRVLGMTLIQKCDFPIMKFSLYFLAYEDKNDIPKEKDEKIAWALSRKATLELTHNWGTEDDETQSYHNGNSDPRGFGHIGIAVPDVYSACKRFEELGVKFVKKPDDGKMKGLAFIQDPDGYWIEILNPNKMATLMLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-(4-hydroxyphenyl)-3-[2-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-en-1-one
分子量 formula_weight	286.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.896 Å
晶胞边长 b length_b	66.131 Å
晶胞边长 c length_c	41.694 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.740 Å
R 因子 r_factor	0.1961
R_work r_work	0.1937
R_free r_free	0.2391

fit	/app/data/saxs_computation/ke/9keg/9keg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/9keg/9keg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/9keg/9keg.dat