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Crystal structure of ferritin mutant(E53H/E56H/E57H/R59H/E60H/E63H)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kf9
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
结构标题 title	Crystal structure of ferritin mutant(E53H/E56H/E57H/R59H/E60H/E63H)
关键词 keywords	24-mer ferritin cage Histidine mutant, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.46 Å
零角强度 I(0) i0	8764010.00
分子量 molecular_weight	20449.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24979 Å³
包络体积 envelope_volume	29858 Å³
水化壳体积 shell_volume	14613 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.34 Å
包络 Rg envelope_rg	18.80 Å
形状 Rg shape_rg	18.40 Å
总 Rg total_rg	19.39 Å
总原子数 total_atoms	1419
残基数 n_residues	172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7640e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8764000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.134
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1576000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.542; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.599; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferritin light chain
分子量 formula_weight	19898.5 kDa
突变 mutation	E53H/E56H/E57H/R59H/E60H/E63H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1736

SSQIRQNYSTEVEAAVNRLVNLYLRASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVCHFFRHLAHHKHHGAHRLLKMQNQRGGRALFQDLQKPSQDEWGTTLDAMKAAIVLEKSLNQALLDLHALGSAQADPHLCDFLESHFLDEEVKLIKKMGDHLTNIQRLVGSQAGLGEYLFERLTLKHD

来源 Source

来源生物 organism	Equus caballus
通用名 common_name	horse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9796
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	181.639 Å
晶胞边长 b length_b	181.639 Å
晶胞边长 c length_c	181.639 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	209
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	22.191 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2066
R_free r_free	0.2251

fit	/app/data/saxs_computation/kf/9kf9/9kf9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/9kf9/9kf9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/9kf9/9kf9.dat