9kh6

cryo-EM structure of lipase/ligand/substrate complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 149.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kh6
沉积日期 deposition_date	2024-11-09
结构标题 title	cryo-EM structure of lipase/ligand/substrate complex
关键词 keywords	lipase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.62 Å
零角强度 I(0) i0	727410000.00
分子量 molecular_weight	229770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290430 Å³
包络体积 envelope_volume	358070 Å³
水化壳体积 shell_volume	69460 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.29 Å
包络 Rg envelope_rg	43.69 Å
形状 Rg shape_rg	43.62 Å
总 Rg total_rg	43.75 Å
总原子数 total_atoms	16206
残基数 n_residues	1998
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	727200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8315
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.541
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	219200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.747

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Patatin
分子量 formula_weight	37583.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	16206

MEKFQILALSGGGYRGLFTATVLKELEQEAKENGHDSIADCFDLITGTSVGGIVALAIAYGIKVEAIVDLFKSHGDKIFQPKPFLKFTGSKYSNESLKTVLEEWFGDSILGDLKCPVVIPTIDFTRGSPVTLKTPHNPNLKRDWKLKIVDVALATSAAPTYFPRHPIGPNEYVDGGLFANDPSLIGLHEADYMFKKNIQDVHILSIGTLSSKKQLNPSTKKDGGYLDWGEGSILKAAPNIIDLVLSSQQQFMEQMVKHRMEPFPNQFYKIDEQIVQASAQFIGLDETSDAAKQVLEGNGIQSAKVALGKDFIRNYFNQPSRKREWFDGPQKNVGGDKLNG

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one ;
分子量 formula_weight	674.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	548926

fit	/app/data/saxs_computation/kh/9kh6/9kh6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/9kh6/9kh6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/9kh6/9kh6.dat