SAXSdb — 9khs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9khs
沉积日期 deposition_date	2024-11-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked diUb (monomeric conformation)
关键词 keywords	E4 enzyme, Ub ligase, Ufd2, Ubc4, Branching, K48/29, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.10 Å
零角强度 I(0) i0	252522000.00
分子量 molecular_weight	131890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166770 Å³
包络体积 envelope_volume	231490 Å³
水化壳体积 shell_volume	53796 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.30 Å
包络 Rg envelope_rg	35.56 Å
形状 Rg shape_rg	36.09 Å
总 Rg total_rg	36.59 Å
总原子数 total_atoms	9310
残基数 n_residues	1179
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	252500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
分子量 formula_weight	16442.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C22S/C102S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	9327

MSSSKRIAKELSDLERDPPTSSSAGPVGDDLYHWQASIMGPADSPYAGGVFFLSIHFPTDYPFKPPKISFTTKIYHPNINANGNICLDILKDQWSPALTLSKVLLSISSLLTDANPDDPLVPEIAHIYKTDRPKYEATAREWTKKYAV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8665.9 kDa
突变 mutation	K48C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGCQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8604.8 kDa
突变 mutation	K29R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKARIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	E4 ubiquitin-protein ligase UFD2
分子量 formula_weight	110044.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTAIEDILQITTDPSDTRGYSLLKSEEVPQGSTLGVDFIDTLLLYQLTENEKLDKPFEYLNDCFRRNQQQKRITKNKPNAESLHSTFQEIDRLVIGYGVVALQIENFCMNGAFINYITGIVSNVNSYTDFLSQIIQRAILEGTALDLLNAVFPTLLEYCNKHVSHFDLNESVIYNNVLTIFELFVTFKPIAEIFTKIDGFFADYSCKPQDFERKTILGPILSLSPIEAAVAIRNYGDNLLRSKQQTAMIHESLQAEHKVVIDRLFFIVDKLVRGSLNSRTDMISYFAHIANKNHLRRADHPPFKELSSNGFMSNITLLLVRFSQPFLDISYKKIDKIDANYFNNPSLFIDLSGETRLNSDFKEADAFYDKNRKTADSKPNFISDCFFLTLTYLHYGLGGTLSFEEKMGSEIKALKEEIEKVKKIAANHDVFARFITAQLSKMEKALKTTESLRFALQGFFAHRSLQLEVFDFICGASTFLIRVVDPEHEFPFKQIKLPLIPDQIGVENVDNADFLRAHAPVPFKYYPEFVVEGPVNYSLYISKYQTSPIFRNPRLGSFVEFTTMVLRCPELVSNPHLKGKLVQLLSVGAMPLTDNSPGFMMDIFEHDELVNKNLLYALLDFYVIVEKTGSSSQFYDKFNSRYSISIILEELYYKIPSYKNQLIWQSQNNADFFVRFVARMLNDLTFLLDEGLSNLAEVHNIQNELDNRARGAPPTREEEDKELQTRLASASRQAKSSCGLADKSMKLFEIYSKDIPAAFVTPEIVYRLASMLNYNLESLVGPKCGELKVKDPQSYSFNPKDLLKALTTVYINLSEQSEFISAVAKDERSFNRNLFVRAVDILGRKTGLASPEFIEKLLNFANKAEEQRKADEEEDLEYGDVPDEFLDPLMYTIMKDPVILPASKMNIDRSTIKAHLLSDSTDPFNRMPLKLEDVTPNEELRQKILCFKKQKKEEAKHKASE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.31 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	191564

fit	/app/data/saxs_computation/kh/9khs/9khs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/9khs/9khs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/9khs/9khs.dat

Cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked diUb (monomeric conformation)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)