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9klc

G9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound rac-10a)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

Homo sapiens

UniProt Q96KQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 913–1193 链 B； UniProt 913–1193 未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L58 ~{N}-[(2~{S})-1-[[6-(1-methylpiperidin-4-yl)oxypyridin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350 分辨率 2.15 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9KLC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
2O8J Human euchromatic histone methyltransferase 2 提交 2006-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
链 D 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
链 F 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
链 H 179–190（12 aa） 片段：UNP residues 179-190
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：UNP residues 913-1193, SET domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 913–1193（281 aa） 片段：UNP residues 913-1193, SET domain
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3K5K Discovery of a 2,4-Diamino-7-aminoalkoxy-quinazoline as a Potent Inhibitor of Histone Lysine Methyltransferase, G9a 提交 2009-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：UNP residues 913-1193, SET domain
链 B 913–1193（281 aa） 片段：UNP residues 913-1193, SET domain
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 DXQ 7-[3-(dimethylamino)propoxy]-6-methoxy-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-N-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2 CL CHLORIDE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M sodium fluoride, 0.1M Bis-Tris phosphate pH 6.0, 18% polyethylene glycol 3350 and 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.264
3RJW Crystal structure of histone lysine methyltransferase g9a with an inhibitor 提交 2011-04-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：Sequence database residues 913-1193
链 B 913–1193（281 aa） 片段：Sequence database residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 CIQ 2-cyclohexyl-6-methoxy-N-[1-(1-methylethyl)piperidin-4-yl]-7-(3-pyrrolidin-1-ylpropoxy)quinazolin-4-amine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 29 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.2M SODIUM FORMATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 25% PEG-3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 2.56 Å R-free 0.245
4NVQ Human G9a in Complex with Inhibitor A-366 提交 2013-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 2OD 5'-methoxy-6'-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]spiro[cyclobutane-1,3'-indol]-2'-amine × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；0.1 M BIS-TRIS, 17.0% PEG3350, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.03 Å R-free 0.239
5JHN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9Ala mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
链 B 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.67 Å R-free 0.237
5JIN Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
链 B 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.240
5JIY Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9norLeucine mutant peptide and bound S-adenosylmethionine 提交 2016-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
链 B 882–1155（274 aa） 片段：UNP residues 882-1155
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.48 Å R-free 0.233
5JJ0 Structure of G9a SET-domain with Histone H3K9M peptide and excess SAH 提交 2016-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 882–1155（274 aa） 片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155
链 B 882–1155（274 aa） 片段：SET domain of Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 G9a, UNP residues 882-1155
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2 M Tri-ammonium citrate pH 7 and 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.72 Å R-free 0.252
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 879–1159（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0K Structure of G9a SET-domain with H3K9M mutant peptide and SAM 提交 2016-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 879–1159（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 879–1159（281 aa） 片段：unp residues 879-1159
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5T0M A histone H3K9M mutation traps histone methyltransferase Clr4 to prevent heterochromatin spreading 提交 2016-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 879–1159（281 aa） 片段：unp residues 879-1159
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane (pH 7.5), 18% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaF, and 5% (v/v) ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 879–1159（281 aa） 片段：UNP residues 879-1159
链 C 879–1159（281 aa） 片段：UNP residues 879-1159
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5
分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TTF Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS012 提交 2016-11-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 879–1159（281 aa） 片段：UNP residues 879-1159
链 D 879–1159（281 aa） 片段：UNP residues 879-1159
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7KZ N4-(1-methylpiperidin-4-yl)-N2-hexyl-6,7-dimethoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5
分辨率 1.72 Å R-free 0.247
5TUY Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor MS0124 提交 2016-11-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 887–1154（268 aa） 片段：UNP residues 887-1154
链 B 887–1154（268 aa） 片段：UNP residues 887-1154
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 7L6 6,7-dimethoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)quinazolin-4-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M NaF, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5)
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
链 B 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 6 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5V9I Crystal structure of catalytic domain of G9a with MS0105 提交 2017-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
链 D 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 90P N~2~-cyclohexyl-N~4~-(1-ethylpiperidin-4-yl)-6,7-dimethoxy-N~2~-methylquinazoline-2,4-diamine × 2 GOL GLYCEROL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH6.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.275
5VSC Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 13 提交 2017-05-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 916–1190（275 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190
链 B 916–1190（275 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain residues 916-1190
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HJ 6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)-N~2~-propylquinazoline-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium bromide
分辨率 1.40 Å R-free 0.182
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 883–1156（274 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 883–1156（274 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)
未记录 ZN ZINC ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5VSE Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with inhibitor 17: N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine 提交 2017-05-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 883–1156（274 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)
链 B 883–1156（274 aa） 片段：G9a catalytic SET-domain (913-1193)
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 9HG N~2~-cyclopentyl-6,7-dimethoxy-N~2~-methyl-N~4~-(1-methylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；20 % PEG3350, 10% glycerol, 0.2 M Sodium fluoride, Bis-Tris propane pH6.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 419–552（134 aa） 片段：residues 419-552
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 419–552（134 aa） 片段：residues 419-552
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 419–552（134 aa） 片段：residues 419-552
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
6MM1 Structure of the cysteine-rich region from human EHMT2 提交 2018-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 419–552（134 aa） 片段：residues 419-552
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M potassium sodium tartrate 18% PEG 3350 0.1M HEPES, pH 8.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
7BTV Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 5. 提交 2020-04-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 N47 N~2~-{4-methoxy-3-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]phenyl}-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 20% PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.245
7BUC Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 13 提交 2020-04-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 F80 N2-[4-methoxy-3-(2,3,4,7-tetrahydro-1H-azepin-5-yl)phenyl]-N4,6-dimethyl-pyrimidine-2,4-diamine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M magnesium acetate, 20% polyethyleneglycol 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7DCF Crystal structure of EHMT2 SET domain in complex with compound 10 提交 2020-10-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 H30 5'-methoxy-6'-(1-methyl-2,3,4,7-tetrahydroazepin-5-yl)spiro[cyclobutane-1,3'-indole]-2'-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M NaOAc, pH 7, 20% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.246
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
链 C 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 1 G4R N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)prop-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7T7L Structure of human G9a SET-domain (EHMT2) in complex with covalent inhibitor (Compound 1) 提交 2021-12-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
链 D 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 G5U N-(6-methoxy-4-{[1-(propan-2-yl)piperidin-4-yl]amino}-7-[3-(pyrrolidin-1-yl)propoxy]quinazolin-2-yl)propanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；2% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20,000
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
7X73 Structure of G9a in complex with RK-701 提交 2022-03-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 J26 N-[(2S)-1-[(4-cyanophenyl)amino]-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1H-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH 7.4), 0.2M sodium formate, 10% ethylene glycol, 25% PEG3350
分辨率 1.49 Å R-free 0.193
7XUA Structure of G9a in complex with compound 10a 提交 2022-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I5X ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-3-methylsulfanyl-propyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 23.5% PEG3350
分辨率 1.87 Å R-free 0.224
7XUB Structure of G9a in complex with compound 10d 提交 2022-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6L ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)pentyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (7.75), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 26% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.215
7XUC Structure of G9a in complex with compound 11a 提交 2022-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 I6S 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 25% PEG3350
分辨率 1.67 Å R-free 0.186
7XUD Structure of G9a in complex with compound 26a 提交 2022-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 SFG SINEFUNGIN × 2 I6Z ~{N}-[(2~{S})-4-cyclopropyl-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-butan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 22% PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.177
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8VV8 Crystal Structure of EHMT2 bound to EZM8266 提交 2024-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 913–1193（281 aa） 片段：residues 913-1193
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 A1AEB (2R)-1-(azetidin-1-yl)-3-(2-methoxy-5-{[4-methyl-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl]amino}phenoxy)propan-2-ol × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
8Z7C Structure of G9a in complex with compound 7i 提交 2024-04-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L07 3,6,6-trimethyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-(1-methylpiperidin-4-yl)oxyphenyl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350
分辨率 1.52 Å R-free 0.196
8Z7D Structure of G9a in complex with compound 9a 提交 2024-04-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L08 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-[(phenylmethyl)amino]hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350
分辨率 1.58 Å R-free 0.183
8Z7E Structure of G9a in complex with compound 9b 提交 2024-04-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L09 ~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]methylamino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350
分辨率 1.54 Å R-free 0.195
9KLB G9a in complex with RK-133232 (compound 16g) 提交 2024-11-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SFG SINEFUNGIN × 2 A1L57 ~{N}-[(~{E},2~{S})-4-cyclopropyl-1-[(6-ethoxypyridin-3-yl)amino]-1-oxidanylidene-but-3-en-2-yl]-4-(pyridin-4-ylamino)benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris propane (pH~7.5), 0.2M Sodium Formate or Fluoride, 10% Ethylene Glycol, ~25% PEG3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.221
9LUS Structure of human G9a SET-domain in complex with FLAV27 inhibitor 提交 2025-02-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 913–1193（281 aa）
链 B 913–1193（281 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1L7O 3-[1-[[(2~{S})-4-(phenylmethyl)-1,4-oxazepan-2-yl]methyl]piperidin-4-yl]phenol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；peg3350 20%, 10% Tacsimate (ph-8), Tris (ph-8.2), Glycerol 6%, 5 mM KSCN
分辨率 2.70 Å R-free 0.309
9WRI Crystal structure of CtBP2 in complex with G9a 提交 2025-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 881–893（13 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 6% PVP, 30% pentaerythritol ethoxylate
分辨率 1.85 Å R-free 0.202
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 912–1193（282 aa） 片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)
链 B 912–1193（282 aa） 片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5
分辨率 1.79 Å R-free 0.252
9YKS Crystal structure of the G9a (EHMT2) SET domain in complex with SAM and TNG917 提交 2025-10-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 912–1193（282 aa） 片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)
链 D 912–1193（282 aa） 片段：catalytic SET domain (UNP residues 912-1193)
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 A1CXM N~2~-[(7M)-6-fluoro-7-(2,5,6,7-tetrahydro-1H-azepin-4-yl)-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-yl]-N~4~,6-dimethylpyrimidine-2,4-diamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；33% PEG4000, 200 mM sodium acetate, 100 mM MES, pH 6.5
分辨率 1.79 Å R-free 0.252

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UniProt名称 EHMT2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–283； UniProt 913–1193 作者链 B； PDB构建体 3–283； UniProt 913–1193

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9klc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9klc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9klc
沉积日期 deposition_date2024-11-14
结构标题 titleG9a in complex with the S-isomer of RK-131902 (racemic compound rac-10a)
关键词 keywordshistone lysine methyltransferase, inhibitor, protein-inhibitor complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.41 Å
零角强度 I(0) i0134920000.00
分子量 molecular_weight59873.0 kDa
排除体积 excluded_volume56907 ų
包络体积 envelope_volume97211 ų
水化壳体积 shell_volume31033 ų
包络直径 envelope_diameter109.4 Å
壳层 Rg shell_rg33.24 Å
包络 Rg envelope_rg26.89 Å
形状 Rg shape_rg26.41 Å
总 Rg total_rg26.90 Å
总原子数 total_atoms4464
残基数 n_residues541
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.6 Å
Rg (实空间) rg_real27.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal134900000.0000
解质量估计 total_estimate0.5826
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.6 Å
偏度 Skewness skewness0.543
峰度 Kurtosis kurtosis0.170
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10630000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.521; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.746; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)