9kx8

Mistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form of lactose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 34–280 链 B； UniProt 302–564	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-idopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3 GLY GLYCINE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；0.2M Glycin, 30% AmSO4, 4% Dioxane	分辨率 2.28 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9KX8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1M2T Mistletoe Lectin I from Viscum album in Complex with Adenine Monophosphate. Crystal Structure at 1.9 A Resolution 提交 2002-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 ADE ADENINE × 1 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion under microgravity；pH 2.5；293 K；ammonium sulphate, pH 2.5, vapor diffusion under microgravity at 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.240
1ONK Mistletoe lectin I from viscum album 提交 2003-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 18 GOL GLYCEROL × 16 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；40% saturated ammonium sulphate, 30% glycerol in 0.1M, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
1ONK Mistletoe lectin I from viscum album 提交 2003-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 AZI AZIDE ION × 9 GOL GLYCEROL × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；40% saturated ammonium sulphate, 30% glycerol in 0.1M, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.223
1PUM Mistletoe lectin I in complex with galactose 提交 2003-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–282（249 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 16 GAL beta-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；ammonium sulphate, glycin-HCL, galactose, dioxan, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1SZ6 MISTLETOE LECTIN I FROM VISCUM ALBUM. CRYSTAL STRUCTURE AT 2.05 A RESOLUTION 提交 2004-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–282（249 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 SO4 SULFATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；40% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 30% GLYCEROL IN 0.1M, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.253
2R9K Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide 提交 2007-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 302–564（263 aa）片段：Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B, UNP residues 302-564	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 SGI 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
2R9K Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide 提交 2007-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 302–564（263 aa）片段：Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B, UNP residues 302-564	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 8 CL CHLORIDE ION × 2 SGI 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
2R9K Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide 提交 2007-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 302–564（263 aa）片段：Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B, UNP residues 302-564	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 8 CL CHLORIDE ION × 2 SGI 3-(4-hydroxyphenyl)propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
2RG9 Crystal structure of viscum album mistletoe lectin I in native state at 1.95 A resolution, comparison of structure active site conformation in ricin and in viscumin 提交 2007-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–282（249 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 1 AZI AZIDE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 15	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
3D7W Mistletoe Lectin I in Complex with Zeatin 提交 2008-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–287（254 aa）片段：Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1 链 B 302–564（263 aa）片段：Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 ZEA (2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol × 1 ZEZ (2Z)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 2.5；293 K；counter diffusion under microgravity conditions during JAXA-GCF-flight number 6, pH 2.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.224
3O5W Binding of kinetin in the active site of mistletoe lectin I 提交 2010-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–287（254 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 8 H35 N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 2.5；293 K；1.0M ammonium sulphate, 0.2M glycine/HCl, pH 2.5, counter diffusion, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.226
4JKX Crystal structure Mistletoe Lectin I from Viscum album in complex with kinetin at 2.35 A resolution. 提交 2013-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–282（249 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 20 H35 N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 AZI AZIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；1.0M ammonium sulphate, 0.2M glycine/HCl, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.35 Å R-free 0.248
4JKX Crystal structure Mistletoe Lectin I from Viscum album in complex with kinetin at 2.35 A resolution. 提交 2013-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–282（249 aa）链 B 302–564（263 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 10 H35 N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 AZI AZIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；293 K；1.0M ammonium sulphate, 0.2M glycine/HCl, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.35 Å R-free 0.248

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ML1_VISAL
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–247； UniProt 34–280 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 302–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kx8
沉积日期 deposition_date	2024-12-06
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Mistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form of lactose
关键词 keywords	Mistletoe, Lectin, MLI, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.34 Å
零角强度 I(0) i0	60006700.00
分子量 molecular_weight	58464.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72357 Å³
包络体积 envelope_volume	86408 Å³
水化壳体积 shell_volume	28898 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.28 Å
包络 Rg envelope_rg	25.39 Å
形状 Rg shape_rg	25.33 Å
总 Rg total_rg	26.08 Å
总原子数 total_atoms	4098
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1
分子量 formula_weight	27357.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4142

YERLRLRVTHQTTGAEYFSFITLLRDYVSSGSFSNEIPLLSQSTIPVSDAARFVLVELTNEGGDSITAAIDVTNLYVVAYQAGDQSYFLRDAPRGGETHLFTGTTKSALPFNGSYPDLERYAGHRDQVPLGIDQLIQSVTALRFPGGSTRTQARSILILIQMISEAARFNPILWRARQYINSGASFLPDVYMLELETSWGQQSTQVQHSTDGVFNNPIRLALSPGNFVTLTNVRDVIASLAIMLFVC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
分子量 formula_weight	28467.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ADVTCSASEPTVRIVGRNGMCVDVRDDDFHDGNQIQLWPSKSNNDPNQLWTIKRDGTIRSNGSCLTTYGYTAGVYVMIFDCNTAVREATLWEIWGNGTIINPRSNLVLAASSGIKGTTLTVQTLDYTLGQGWLAGNDTAPREVTIYGHADLCMESNGGSVHVETCVASQQNQRWALYGDGSIRPKQNQDQCLTCGRDSVSTVINIVSCSAGSSGQRWVFTNEGAILNLKNGLAMDVAQANPALARIIIYPATGKPNQMWLPVP

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-idopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.859 Å
晶胞边长 b length_b	107.859 Å
晶胞边长 c length_c	311.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	40.770 Å
R 因子 r_factor	0.2106
R_work r_work	0.2095
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/kx/9kx8/9kx8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/9kx8/9kx8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/9kx8/9kx8.dat

Mistletoe Lectin I from Viscum album complexed with epimer form of lactose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)