SAXSdb — 9lc2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor 1 A-type

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 13–175	未记录	;DNA (5'-D(APGPTPTPGPGPCPAPAPGPAPTPGPCPCPAPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPTPGPGPCPAPTPCPTPTPGPCPCPAPAPCPT)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 2000	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 13–175	未记录	;DNA (5'-D(APGPTPTPGPGPCPAPAPGPAPTPGPCPCPAPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPTPGPGPCPAPTPCPTPTPGPCPCPAPAPCPT)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 2000	分辨率 2.70 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9LC2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9JH2 Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA containing the TGGCA Motif 提交 2024-09-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 13–175（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris Propane (pH 7.0), and 1.5 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.283
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 13–175（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 13–175（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9JH4 Crystal Structure of NFIA DNA-binding Domain 提交 2024-09-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 13–175（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES (pH 9.5), and 30% (w/v) PEG 3000	分辨率 3.20 Å R-free 0.297
9XVF Crystal structure of NFIA monomer bound to DNA 提交 2025-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–174（165 aa）链 B 10–174（165 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；5% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES (pH 7.5), and 10% (w/v) PEG 10000	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
9XVQ Crystal structure of the NFIA-N0 DNA complex 提交 2025-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–238（229 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium phosphate dibasic dihydrate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.76 Å R-free 0.222

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFIA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–165； UniProt 13–175 作者链 B； PDB构建体 3–165； UniProt 13–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lc2
沉积日期 deposition_date	2025-01-03
结构标题 title	Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA Containing the TGGCA(N3)TGCCA Motif
关键词 keywords	NFIA, Lipid metabolism, Transcription factor, DNA binding protein; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.44 Å
零角强度 I(0) i0	86828100.00
分子量 molecular_weight	60720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70200 Å³
包络体积 envelope_volume	106880 Å³
水化壳体积 shell_volume	26895 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.30 Å
包络 Rg envelope_rg	34.22 Å
形状 Rg shape_rg	35.43 Å
总 Rg total_rg	35.75 Å
总原子数 total_atoms	4201
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8120
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.911
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4248000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.684; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.656; Smooth: 0.845

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear factor 1 A-type
分子量 formula_weight	19272.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4305

GSHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPTPTPGPGPCPAPAPGPAPTPGPCPCPAPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5540.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

AGTTGGCAAGATGCCATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPTPGPGPCPAPTPCPTPTPGPCPCPAPAPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5491.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

GATGGCATCTTGCCAACT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.075 Å
晶胞边长 b length_b	78.141 Å
晶胞边长 c length_c	88.123 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	39.070 Å
R 因子 r_factor	0.2078
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2594

fit	/app/data/saxs_computation/lc/9lc2/9lc2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lc/9lc2/9lc2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lc/9lc2/9lc2.dat

Crystal Structure of NFIA in Complex with DNA Containing the TGGCA(N3)TGCCA Motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor 1 A-type

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)