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9lez

Cryo-EM structure of human ZAC in complex with N-(4-(tert-butyl)thiazol-2-yl)-3-fluorobenzamide (TTFB)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 120.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ligand-gated cation channel ZACN,Genome polyprotein

Enterovirus A71

UniProt B6F2F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 10 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 4–241 链 B； UniProt 4–241 链 C； UniProt 4–241 链 D； UniProt 4–241 链 E； UniProt 4–241 突变：A152T beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 A1EKJ ~{N}-(4-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-2-yl)-3-fluoranyl-benzamide × 5 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.54 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9LEZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8SOJ Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the absence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–241（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8SOK Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the presence of telomeric ssDNA 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 E 2–241（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9LET Cryo-EM structure of human ZAC in zinc Binding State 提交 2025-01-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–241（238 aa）
链 B 4–241（238 aa）
链 C 4–241（238 aa）
链 D 4–241（238 aa）
链 E 4–241（238 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9LEU Cryo-EM structure of human ZAC with A152 mutant in zinc binding state 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–241（238 aa）
链 B 4–241（238 aa）
链 C 4–241（238 aa）
链 D 4–241（238 aa）
链 E 4–241（238 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9LEV Cryo-EM structure of human ZAC in nanodisc in apo state 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–241（238 aa）
链 B 4–241（238 aa）
链 C 4–241（238 aa）
链 D 4–241（238 aa）
链 E 4–241（238 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9LEX Cryo-EM structure of human ZAC in zinc partially binding state in nanodisc 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–241（238 aa）
链 B 4–241（238 aa）
链 C 4–241（238 aa）
链 D 4–241（238 aa）
链 E 4–241（238 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9LEY Cryo-EM structure of human ZAC in complex with d-tubocurarine 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–241（238 aa）
链 B 4–241（238 aa）
链 C 4–241（238 aa）
链 D 4–241（238 aa）
链 E 4–241（238 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T TC9 D-TUBOCURARINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9LRC Cryo-EM structure of the histamine H4 receptor-Gi protein complex (Receptor focused) 提交 2025-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 R 2–241（240 aa）
未记录 HSM HISTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9LRE Cryo-EM structure of the histamine H4 receptor-Gi protein complex (Overall) 提交 2025-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 2–241（240 aa）
未记录 HSM HISTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9R6H Crystal Structure of the M18BP1 SANTA domain as a EGFP-SANTA-nanobody fusion 提交 2025-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–228（225 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 50% PEG400, 5% w/v PEG3000
分辨率 2.42 Å R-free 0.262
9R6H Crystal Structure of the M18BP1 SANTA domain as a EGFP-SANTA-nanobody fusion 提交 2025-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 4–228（225 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 50% PEG400, 5% w/v PEG3000
分辨率 2.42 Å R-free 0.262

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B6F2F5_HE71
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 468–705； UniProt 4–241 作者链 B； PDB构建体 468–705； UniProt 4–241 作者链 C； PDB构建体 468–705； UniProt 4–241 作者链 D； PDB构建体 468–705； UniProt 4–241 作者链 E； PDB构建体 468–705； UniProt 4–241

Ligand-gated cation channel ZACN,Genome polyprotein

Enterovirus A71

UniProt Q401N2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 10 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–412 链 B； UniProt 1–412 链 C； UniProt 1–412 链 D； UniProt 1–412 链 E； UniProt 1–412 突变：A152T beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 A1EKJ ~{N}-(4-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-2-yl)-3-fluoranyl-benzamide × 5 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.54 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9LEZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8YX6 Structure of a Cys-loop Receptor in Zinc Binding State 提交 2024-04-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8YX7 Structure of a Cys-loop Receptor under Acidic Condition 提交 2024-04-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8YX8 Structure of a Cys-loop Receptor in Apo State 提交 2024-04-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9LET Cryo-EM structure of human ZAC in zinc Binding State 提交 2025-01-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9LEU Cryo-EM structure of human ZAC with A152 mutant in zinc binding state 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
9LEV Cryo-EM structure of human ZAC in nanodisc in apo state 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9LEX Cryo-EM structure of human ZAC in zinc partially binding state in nanodisc 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
9LEY Cryo-EM structure of human ZAC in complex with d-tubocurarine 提交 2025-01-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–412（412 aa）
链 B 1–412（412 aa）
链 C 1–412（412 aa）
链 D 1–412（412 aa）
链 E 1–412（412 aa）
突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T 突变：A152T TC9 D-TUBOCURARINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZACN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–412； UniProt 1–412 作者链 B； PDB构建体 1–412； UniProt 1–412 作者链 C； PDB构建体 1–412； UniProt 1–412 作者链 D； PDB构建体 1–412； UniProt 1–412 作者链 E； PDB构建体 1–412； UniProt 1–412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lez

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lez
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9lez
沉积日期 deposition_date2025-01-07
结构标题 titleCryo-EM structure of human ZAC in complex with N-(4-(tert-butyl)thiazol-2-yl)-3-fluorobenzamide (TTFB)
关键词 keywordsCys-loop receptor, homopentamer, cation channel, TTFB binding state, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.73 Å
零角强度 I(0) i0913981000.00
分子量 molecular_weight169190.0 kDa
排除体积 excluded_volume166120 ų
包络体积 envelope_volume295600 ų
水化壳体积 shell_volume65079 ų
包络直径 envelope_diameter123.0 Å
壳层 Rg shell_rg44.61 Å
包络 Rg envelope_rg36.56 Å
形状 Rg shape_rg36.73 Å
总 Rg total_rg37.08 Å
总原子数 total_atoms12840
残基数 n_residues1555
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.5 Å
Rg (实空间) rg_real37.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal914000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.9 Å
偏度 Skewness skewness0.325
峰度 Kurtosis kurtosis-0.302
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha75750000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.876
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)