9lfc

Cryo-EM structure of human bradykinin receptor B1R bound to antagonist R715

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 99.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lfc
沉积日期 deposition_date	2025-01-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of human bradykinin receptor B1R bound to antagonist R715
关键词 keywords	GPCR, bradykinin receptor, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.46 Å
零角强度 I(0) i0	28315000.00
分子量 molecular_weight	44119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56449 Å³
包络体积 envelope_volume	70026 Å³
水化壳体积 shell_volume	23210 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.83 Å
包络 Rg envelope_rg	28.21 Å
形状 Rg shape_rg	27.50 Å
总 Rg total_rg	27.84 Å
总原子数 total_atoms	3133
残基数 n_residues	406
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28310000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7913
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.569
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6473000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.632; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.456; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	B1 bradykinin receptor,Kappa-type opioid receptor
分子量 formula_weight	38958.9 kDa
突变 mutation	S124K/S132C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3133

ASSWPPLELQSSNQSQLFPQNATACDNAPEAWDLLHRVLPTFIISICFFGLLGNLFVLLVFLLPRRQLNVAEIYLANLAASDLVFVLGLPFWAENIWNQFNWPFGALLCRVINGVIKANLFIKIFLVVAICQDRYRVLVHPMASRRQQRRRQARVTCVLIWVVGGLLSIPTFLLRSIQAVPDLNITACILLLPHEAWHFARIVELNILGFLLPLAAIVFFNYHILASLRTVRLLSGSREKDRNLRRITRLVLVVVVAFLVCWAPYHFFAFLEFLFQVQAVRGCFWEDFIDLGLQLANFFAFTNSSLNPVIYVFVGRLFRTKVWELYKQCTPKSLAPISSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 6
分子量 formula_weight	18816.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFAMAQVQLQESGGGLVQAGESLRLSCAASGTIFRLYDMGWYRRVSGNQRELVASITSGGSTKYGDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMSSLKPEDTAVYYCNAEYRTGIWEELLDGWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	R715
分子量 formula_weight	1126.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XKRPPGFSXI

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	232403

fit	/app/data/saxs_computation/lf/9lfc/9lfc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lf/9lfc/9lfc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lf/9lfc/9lfc.dat

Cryo-EM structure of human bradykinin receptor B1R bound to antagonist R715

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)