9lih

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in cyclobutrifluram-bound state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 117.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lih
沉积日期 deposition_date	2025-01-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in cyclobutrifluram-bound state
关键词 keywords	Complex, mitochondria, ELECTRON TRANSPORT, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.96 Å
零角强度 I(0) i0	483040000.00
分子量 molecular_weight	117480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113040 Å³
包络体积 envelope_volume	203230 Å³
水化壳体积 shell_volume	50014 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.33 Å
包络 Rg envelope_rg	34.35 Å
形状 Rg shape_rg	34.07 Å
总 Rg total_rg	34.10 Å
总原子数 total_atoms	8833
残基数 n_residues	1108
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	483000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8327
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.597
峰度 Kurtosis kurtosis	0.108
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	92270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.819

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	65699.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8833

KYHIIDHEYDCVVIGAGGAGLRAAFGLAEAGYKTACISKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMHKDNWKWHMYDTVKGSDWLGDQDSIHYMTREAPKSIIELEHYGVPFSRTENGKIYQRAFGGQTKEYGKGAQAYRTCAVADRTGHALLHTLYGQALRHDTHFFIEYFALDLLTHNGEVVGVIAYNQEDGTIHRFRAHKTIIATGGYGRAYFSCTSAHTCTGDGNAMVSRAGFPLQDLEFVQFHPSGIYGSGCLITEGARGEGGFLVNSEGERFMERYAPTAKDLACRDVVSRAITMEIREGRGVGKKKDHMYLQLSHLPPEVLKERLPGISETAAIFAGVDVTKEPIPIIPTVHYNMGGIPTKWNGEALTIDEETGEDKVIPGLMACGEAACVSVHGANRLGANSLLDLVVFGRAVAHTVADTLQPGLPHKPLPSDLGKESIANLDKLRNANGSRSTAEIRMNMKQTMQKDVSVFRTQSSLDEGVRNITAVEKTFDDVKTTDRSMIWNSDLVETLELQNLLTCASQTAVSAANRKESRGAHAREDYPNRDDEHWMKHTLSWQKDVAAPVTLKYRRVIDHTLDEKECPSVPPTVRAY

Entity 2 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	27164.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.5.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TPRLKTFKVYRWNPDEPSAKPHLQSYQVDLNDCGPMVLDALLKIKDEQDSTLTFRRSCREGICGSCAMNIGGRNTLACICKIDQNESKQLKIYPLPHMFIVKDLVPDLTNFYQQYKSIQPYLQRSSFPKDGTEVLQSIEDRKKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNQEQYLGPAVLMQAYRWLIDSRDQATKTRKAMLNNSMSLYRCHTIMNCTRTCPKGLNPGLAIAEIKKSLAFA

Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	16396.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EMNTKAAIAEEQILNKQRARRPISPHLTIYQPQLTWYLSSFHRISLVLMGLGFYLFTILFGVSGLLGLGLTTEKVSNWYHQKFSKITEWSIKGSFAYLFAIHYGGAIRHLIWDTAKELTLKGVYRTGYALIGFTAVLGTYLLTL

Entity 4 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	14441.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

LPVLPQKPGGVRGTPNDAYVPPPENKLEGSYHWYMEKIFALSVVPLATTAMLTTGPLSTAADSFFSVMLLGYCYMEFNSCITDYISGRVYGVWHKYAMYMLGLGSAVSLFGIYKLETENDGVVGLVKSLWD

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}-[(1~{S},2~{S})-2-(2,4-dichlorophenyl)cyclobutyl]-2-(trifluoromethyl)pyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	389.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.07 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74959

fit	/app/data/saxs_computation/li/9lih/9lih.fit
pddf	/app/data/pr_computation/li/9lih/9lih.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/li/9lih/9lih.dat

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Mitochondrial Respiratory Complex II in cyclobutrifluram-bound state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)