9lro

The crystal structure of PDE4D with T3700

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lro
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	The crystal structure of PDE4D with T3700
关键词 keywords	PDE4 inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.84 Å
零角强度 I(0) i0	178350000.00
分子量 molecular_weight	70087.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67317 Å³
包络体积 envelope_volume	114290 Å³
水化壳体积 shell_volume	33616 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.65 Å
包络 Rg envelope_rg	27.81 Å
形状 Rg shape_rg	27.86 Å
总 Rg total_rg	28.36 Å
总原子数 total_atoms	5279
残基数 n_residues	645
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	178400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8244
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D ;
分子量 formula_weight	38593.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5463

SIPRFGVKTEQEDVLAKELEDVNKWGLHVFRIAELSGNRPLTVIMHTIFQERDLLKTFKIPVDTLITYLMTLEDHYHADVAYHNNIHAADVVQSTHVLLSTPALEAVFTDLEILAAIFASAIHDVDHPGVSNQFLINTNSELALMYNDSSVLENHHLAVGFKLLQEENCDIFQNLTKKQRQSLRKMVIDIVLATDMSKHMNLLADLKTMVETKKVTSSGVLLLDNYSDRIQVLQNMVHCADLSNPTKPLQLYRQWTDRIMEEFFRQGDRERERGMEISPMCDKHNASVEKSQVGFIDYIVHPLWETWADLVHPDAQDILDTLEDNREWYQSTIPQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	6-bromanyl-3-(1-methylpyrazol-4-yl)-5-[(3~{S})-piperidin-3-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
分子量 formula_weight	376.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.013 Å
晶胞边长 b length_b	80.725 Å
晶胞边长 c length_c	162.706 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	24.383 Å
R 因子 r_factor	0.2038
R_work r_work	0.2015
R_free r_free	0.2465

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lro/9lro.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lro/9lro.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lro/9lro.dat