9lrp

The crystal structure of PDE4D with 13c

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lrp
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	The crystal structure of PDE4D with 13c
关键词 keywords	PDE4D inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.88 Å
零角强度 I(0) i0	178442000.00
分子量 molecular_weight	70175.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67419 Å³
包络体积 envelope_volume	114510 Å³
水化壳体积 shell_volume	33634 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.73 Å
包络 Rg envelope_rg	27.83 Å
形状 Rg shape_rg	27.90 Å
总 Rg total_rg	28.42 Å
总原子数 total_atoms	5289
残基数 n_residues	647
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	178400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6977
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.264
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.551
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D ;
分子量 formula_weight	38593.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5454

SIPRFGVKTEQEDVLAKELEDVNKWGLHVFRIAELSGNRPLTVIMHTIFQERDLLKTFKIPVDTLITYLMTLEDHYHADVAYHNNIHAADVVQSTHVLLSTPALEAVFTDLEILAAIFASAIHDVDHPGVSNQFLINTNSELALMYNDSSVLENHHLAVGFKLLQEENCDIFQNLTKKQRQSLRKMVIDIVLATDMSKHMNLLADLKTMVETKKVTSSGVLLLDNYSDRIQVLQNMVHCADLSNPTKPLQLYRQWTDRIMEEFFRQGDRERERGMEISPMCDKHNASVEKSQVGFIDYIVHPLWETWADLVHPDAQDILDTLEDNREWYQSTIPQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-[[7-azanyl-6-bromanyl-3-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-butanamide
分子量 formula_weight	409.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.446 Å
晶胞边长 b length_b	80.498 Å
晶胞边长 c length_c	162.315 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	24.043 Å
R 因子 r_factor	0.2177
R_work r_work	0.2153
R_free r_free	0.2629

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lrp/9lrp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lrp/9lrp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lrp/9lrp.dat

The crystal structure of PDE4D with 13c

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction