9lrv

Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein cnp1

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H4 × 2 （P09322） Histone H2A-alpha × 2 （P04909） Histone H2B-alpha × 2 （P04913） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CENPA_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1, 5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–126； UniProt 1–120 作者链 E； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

Histone H4

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt P09322

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） Histone H2A-alpha × 2 （P04909） Histone H2B-alpha × 2 （P04913） Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A-alpha

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt P04909

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） Histone H4 × 2 （P09322） Histone H2B-alpha × 2 （P04913） Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132 作者链 G； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

Histone H2B-alpha

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)

UniProt P04913

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 8 DNA 2	Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） Histone H4 × 2 （P09322） Histone H2A-alpha × 2 （P04909） Histone H3-like centromeric protein cnp1 × 1 （Q9Y812） DNA (144-MER) × 1 DNA (144-MER) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lrv
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 1
关键词 keywords	Nucleosome dynamics, CENP-A, Cnp1, kinetochore assembly, Chromosome Segregation, NUCLEAR PROTEIN/DNA, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex; NUCLEAR PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9lrv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9lrv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9lrv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.06 Å
Rg（电子密度）	37.28 Å
总 Rg	38.01 Å
原子数	11645
残基数	1030
排除体积	188460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9lrv__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein cnp1
分子量 formula_weight	14737.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11645

HHHHHHMAKKSLMAEPGDPIPRPRKKRYRPGTTALREIRKYQRSTDLLIQRLPFSRIVREISSEFVANFSTDVGLRWQSTALQCLQEAAEAFLVHLFEDTNLCAIHAKRVTIMQRDMQLARRIRGA

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11450.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISALVYEETRAVLKLFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTSLDVVYSLKRQGRTIYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A-alpha
分子量 formula_weight	13902.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGGKSGGKAAVAKSAQSRSAKAGLAFPVGRVHRLLRKGNYAQRVGAGAPVYLAAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGHVTIAQGGVVPNINAHLLPKTSGRTGKPSQEL

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B-alpha
分子量 formula_weight	13844.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MSAAEKKPASKAPAGKAPRDTMKSADKKRGKNRKETYSSYIYKVLKQVHPDTGISNQAMRILNSFVNDIFERIATEASKLAAYNKKSTISSREIQTAVRLILPGELAKHAVTEGTKSVTKYSSSAQ

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein cnp1
分子量 formula_weight	13908.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAKKSLMAEPGDPIPRPRKKRYRPGTTALREIRKYQRSTDLLIQRLPFSRIVREISSEFVANFSTDVGLRWQSTALQCLQEAAEAFLVHLFEDTNLCAIHAKRVTIMQRDMQLARRIRGA

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	45098.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCACATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (144-MER)
分子量 formula_weight	45650.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATGTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	429911

Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein cnp1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9lrv__assembly_1__model_1

9lrv__assembly_1__model_1 | I(q)

9lrv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)