SAXSdb — 9lrw

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lrw
沉积日期 deposition_date	2025-02-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 2
关键词 keywords	Nucleosome dynamics, CENP-A, Cnp1, kinetochore assembly, Chromosome Segregation, NUCLEAR PROTEIN/DNA, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex; NUCLEAR PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.72 Å
零角强度 I(0) i0	743170000.00
分子量 molecular_weight	164440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181370 Å³
包络体积 envelope_volume	280740 Å³
水化壳体积 shell_volume	60960 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.65 Å
包络 Rg envelope_rg	37.51 Å
形状 Rg shape_rg	37.54 Å
总 Rg total_rg	38.44 Å
总原子数 total_atoms	11213
残基数 n_residues	986
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	743300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6675
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.172
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.519
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.840

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3-like centromeric protein cnp1
分子量 formula_weight	13908.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11213

MAKKSLMAEPGDPIPRPRKKRYRPGTTALREIRKYQRSTDLLIQRLPFSRIVREISSEFVANFSTDVGLRWQSTALQCLQEAAEAFLVHLFEDTNLCAIHAKRVTIMQRDMQLARRIRGA

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11450.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISALVYEETRAVLKLFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTSLDVVYSLKRQGRTIYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A-alpha
分子量 formula_weight	13902.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MSGGKSGGKAAVAKSAQSRSAKAGLAFPVGRVHRLLRKGNYAQRVGAGAPVYLAAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGHVTIAQGGVVPNINAHLLPKTSGRTGKPSQEL

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B-alpha
分子量 formula_weight	13844.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MSAAEKKPASKAPAGKAPRDTMKSADKKRGKNRKETYSSYIYKVLKQVHPDTGISNQAMRILNSFVNDIFERIATEASKLAAYNKKSTISSREIQTAVRLILPGELAKHAVTEGTKSVTKYSSSAQ

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (140-MER)
分子量 formula_weight	45098.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCACATATATACATCCGAT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (140-MER)
分子量 formula_weight	45650.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATATGTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
通用名 common_name	fission yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.040 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	832775

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lrw/9lrw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lrw/9lrw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lrw/9lrw.dat

Cryo-EM structure of Fission yeast centromeric nucleosome Class 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)