9lxq

;Crystal structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 100K ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lxq
沉积日期 deposition_date	2025-02-19
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	;Crystal structure of 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase from Aeropyrum pernix complex with 5'-Deoxy-5'-methylthioadenosine 100K ;
关键词 keywords	MTAP, complex, phosphorylase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.91 Å
零角强度 I(0) i0	17586100.00
分子量 molecular_weight	31318.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39050 Å³
包络体积 envelope_volume	43846 Å³
水化壳体积 shell_volume	19998 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.70 Å
包络 Rg envelope_rg	18.24 Å
形状 Rg shape_rg	17.92 Å
总 Rg total_rg	18.85 Å
总原子数 total_atoms	2198
残基数 n_residues	273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5852000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase ;
分子量 formula_weight	30777.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2395

MFEITRPPGVRAHVGVIGGSGLYDPGIVENPVEVKVSTPYGNPSDFIVVGDVAGVKVAFLPRHGRGHRIPPHAINYRANIWALKALGVKWVISVSAVGSLREDYRPGDFVVPDQFIDMTKNRRHYTFYDGPVTVHVSMADPFCEDLRQRLIDSGRRLGYTVHERGTYVCIEGPRFSTRAESRVWKDVFKADIIGMTLVPEINLACEAQLCYATLAMVTDYDVWADRPVTAEEVERVMISNVERARRMLYDVIPKLAGEPELERCSCCRALDTAAI

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix K1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE
分子量 formula_weight	297.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.766 Å
晶胞边长 b length_b	77.766 Å
晶胞边长 c length_c	230.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.370 Å
最低分辨率 resolution_low	43.770 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1208
R_free r_free	0.1472

fit	/app/data/saxs_computation/lx/9lxq/9lxq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/9lxq/9lxq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/9lxq/9lxq.dat