9mdd

;Crystal Structure of human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with compound 23; (S)-1-(6,7-dichloro-1-methyl-1,3,4,5-tetrahydro-2H-pyrido[4,3-b]indol-2-yl)-2-methoxyethan-1-one ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mdd
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
最后修订 last_revision	2025-01-01
结构标题 title	;Crystal Structure of human cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) in complex with compound 23; (S)-1-(6,7-dichloro-1-methyl-1,3,4,5-tetrahydro-2H-pyrido[4,3-b]indol-2-yl)-2-methoxyethan-1-one ;
关键词 keywords	human cyclic GMP-AMP synthase AMP-PNP Compound 23, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.72 Å
零角强度 I(0) i0	57539200.00
分子量 molecular_weight	39461.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38115 Å³
包络体积 envelope_volume	63075 Å³
水化壳体积 shell_volume	24677 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.92 Å
包络 Rg envelope_rg	20.99 Å
形状 Rg shape_rg	20.67 Å
总 Rg total_rg	21.45 Å
总原子数 total_atoms	2990
残基数 n_residues	353
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9079
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.997

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cyclic GMP-AMP synthase
分子量 formula_weight	42759.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.86
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3189

DAAPGASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLEEYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDITLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENKEEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDEEHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKLENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-{[(2S)-1-{[(5P)-3-chloro-5-(1H-imidazol-2-yl)phenyl]amino}-1-oxopropan-2-yl](methyl)carbamoyl}pyridine-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	427.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	128.300 Å
晶胞边长 b length_b	51.710 Å
晶胞边长 c length_c	60.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	37.490 Å
R 因子 r_factor	0.1953
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2202

fit	/app/data/saxs_computation/md/9mdd/9mdd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/md/9mdd/9mdd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/md/9mdd/9mdd.dat