SAXSdb — 9mf1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rit1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–197	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；10% w/v PEG 6000, 0.1M Bicine pH 9.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MF1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4KLZ Inhibition of Small GTPases by Stabilization of the GDP Complex, a Novel Approach applied to Rit1, a Target for Rheumatoid Arthritis 提交 2013-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–189（171 aa）片段：GTP binding domain, unp residues 19-189	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；11-14% w/v PEG4000, 5-8% v/v Jeffamine M600, imidazole , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.311
9MEY Crystal structure of RIT1(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–197（196 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；44% Morpheus II PPT7, 100mM MonoSach II, 100mM MB6 buffer pH 8.2	分辨率 2.95 Å R-free 0.256
9MEY Crystal structure of RIT1(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–197（196 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；44% Morpheus II PPT7, 100mM MonoSach II, 100mM MB6 buffer pH 8.2	分辨率 2.95 Å R-free 0.256

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–197； UniProt 2–197

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mf1
沉积日期 deposition_date	2024-12-09
结构标题 title	Crystal structure of RIT1 in the GDP state
关键词 keywords	Substrate adaptor, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.11 Å
零角强度 I(0) i0	9144770.00
分子量 molecular_weight	21453.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26568 Å³
包络体积 envelope_volume	30868 Å³
水化壳体积 shell_volume	15968 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.40 Å
包络 Rg envelope_rg	16.63 Å
形状 Rg shape_rg	16.11 Å
总 Rg total_rg	17.19 Å
总原子数 total_atoms	1503
残基数 n_residues	178
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1450e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9145000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2015000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein Rit1
分子量 formula_weight	22464.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1667

GDSGTRPVGSCCSSPAGLSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDPTIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAGQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIRRKEKEAVLAMEKKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.577 Å
晶胞边长 b length_b	66.155 Å
晶胞边长 c length_c	124.717 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	45.380 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2304

fit	/app/data/saxs_computation/mf/9mf1/9mf1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/9mf1/9mf1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/9mf1/9mf1.dat

Crystal structure of RIT1 in the GDP state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rit1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction