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9mf8

Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Aib at Position 15

Method: SOLUTION NMR Dmax: 30.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Villin-1

物种未注明

UniProt P02640

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 792–826 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成：0.47 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Ser15Aib, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 9MF8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1QQV SOLUTION STRUCTURE OF THE HEADPIECE DOMAIN OF CHICKEN VILLIN 提交 1999-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：HP67
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）LOW；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1 MM HP67, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0
NMR样品组成 1 MM HP67 U-15N , 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0
NMR样品组成 1 MM HP67 U-15N,10% 13C, 10 MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.0
NMR样品组成 1 MM HP67
分辨率未提供
1VII THERMOSTABLE SUBDOMAIN FROM CHICKEN VILLIN HEADPIECE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：THERMOSTABLE SUBDOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.7；303 K
分辨率未提供
1WY3 Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, pH7.0 提交 2005-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：VHP
突变：K65(NLE), N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；293 K；1ul 50mg/ml peptide plus 1ul (200mM KFormate, 20% PEG3350), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.00
分辨率 0.95 Å R-free 0.171
1WY4 Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, pH5.1 提交 2005-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：VHP
突变：K65(NLE), N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.1；293 K；1ul 50mg/ml peptide plus 1ul (200mM AmCitrate, 20% PEF3350), pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.10
分辨率 1.55 Å R-free 0.213
1YRF Chicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.7 提交 2005-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：VHP
突变：N68H SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；293 K；1ul 100mg/ml peptide plus 1ul (200mM NaOAc, 2.2M AmSO4), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.70
分辨率 1.07 Å R-free 0.161
1YRI Chicken villin subdomain HP-35, N68H, pH6.4 提交 2005-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：VHP
突变：N68H ACT ACETATE ION × 1 IOD IODIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；293 K；1ul 100mg/ml peptide plus 1ul (200mM AmOAc, 100mM NaCitrate, 30% PEG4000), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.40
分辨率 1.00 Å R-free 0.205
1YU5 Crystal Structure of the Headpiece Domain of Chicken Villin 提交 2005-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 760–826（67 aa） 片段：Headpiece
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.5 M Na,K Phosphate buffer, 100 mM 2-(4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperzainyl) ethanesulfonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.216
1YU7 Crystal Structure of the W64Y mutant of Villin Headpiece 提交 2005-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 760–826（67 aa） 片段：Residue 10-76
突变：W64Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium Sulfate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 30 % polyethylene glycol (PEG) 8,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.210
1YU8 Crystal Structure of the R37A Mutant of Villin Headpiece 提交 2005-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 760–826（67 aa） 片段：Residue 10-76
突变：R37A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium Sulfate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 30 % polyethylene glycol (PEG) 8,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.211
2F4K Chicken villin subdomain HP-35, K65(NLE), N68H, K70(NLE), PH9 提交 2005-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：residues 792-826
突变：N68H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Initial drop contained 1ul 90mg/ml protein in 10mM Tris (pH7.4) and 7.5% v/v trifluoroethanol (TFE) and 1ul reservoir solution. Precipitant in reservoir was (initial: 800mM AmSO4, 100mM Bicine (pH 9.0), 10% v/v TFE) and (final: 1.6M AmSO4, 100mM Bicine (pH 9.0), 7.5% v/v TFE). Reservoir solution was changed from initial to final after one week.
分辨率 1.05 Å R-free 0.166
2JM0 Solution structure of chicken villin headpiece subdomain containing a fluorinated side chain in the core 提交 2006-09-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：residues 792-826
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成 4 mM F5-Phe-cVHP | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成 2 mM selectively 15N-[Ala, Phe, Leu] F5-Phe-cVHP | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2LLF Sixth Gelsolin-like domain of villin in 5 mM CaCl2 提交 2011-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 619–725（107 aa） 片段：Gelsolin-like 6 domain containing residues 619-725
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 50 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] D6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 50 M H2O, 5 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 55 M [U-2H] D2O, 10 mM [U-2H] DTT, 0.01 % sodium azide, 5 mM Calcium Chloride, 20 mM [U-2H] PIPES, 1 mM D6, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2PPZ NMR solution Structure of the Villin Headpiece Mutant G34L 提交 2007-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：C-terminal residues of headpiece domain, sequence database residues 792-826
突变：G34L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 4.3 mg peptide dissolved in 0.5 ml 90% H2O, 10% D2O (v/v) and 0.1 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane sulfonic acid (DSS) for internal referencing | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RJV Crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P 21 21 21 space group 提交 2007-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：HEADPIECE
突变：H791Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.45 Å R-free 0.206
2RJW The crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P61 SPACE GROUP. 提交 2007-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：VILLIN HEADPIECE
突变：H791Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.55 Å R-free 0.229
2RJW The crystal structure of the H41Y mutant of villin headpiece, P61 SPACE GROUP. 提交 2007-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 760–826（67 aa） 片段：VILLIN HEADPIECE
突变：H791Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.55 Å R-free 0.229
2RJX Crystal structure of the headpiece domain of chicken villin, P61 space group 提交 2007-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：VILLIN HEADPIECE
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.240
2RJX Crystal structure of the headpiece domain of chicken villin, P61 space group 提交 2007-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 760–826（67 aa） 片段：VILLIN HEADPIECE
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.240
2RJY Crystal structure of villin headpiece, P21 21 21 space group 提交 2007-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：VILLIN HEADPIECE
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.233
2VIK REFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERMINED BY SOLUTION NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–127（126 aa） 片段：RESIDUES 1 - 126
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.15；298 K
分辨率未提供
2VIL REFINED STRUCTURE OF THE ACTIN-SEVERING DOMAIN VILLIN 14T, DETERMINED BY SOLUTION NMR, 11 STRUCTURES 提交 1997-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–127（126 aa） 片段：RESIDUES 1 - 126
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.15；298 K
分辨率未提供
3MYA Crystal Structure of HP67 H41F - P61 提交 2010-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)
突变：H41F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic Acid, 30% Polyethylene Glycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MYA Crystal Structure of HP67 H41F - P61 提交 2010-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 760–826（67 aa） 片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)
突变：H41F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-morpholinoethanesulfonic Acid, 30% Polyethylene Glycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MYC Crystal Structure of HP67 H41F - P212121 提交 2010-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：Villin Headpiece (UNP residues 760-826)
突变：H41F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M 2-Morphinoethanesulfonic acid, 30% Polyethyleneglycol 8,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.216
3MYE Crystal Structure of HP67 L61GL 提交 2010-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 760–826（67 aa） 片段：Villin Headpiece (unp residues 760-826)
突变：L61GL 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Cacodylate, 30% Polyethylene Glycol 10,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.199
3NKJ Crystal Structure of HP67 L61G 提交 2010-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 760–826（67 aa） 片段：Villin Headpiece (UNP Residues 760-826)
突变：L811G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE, 30% POLYETHYLENE GLYCOL 10,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.219
3TJW Crystal Structure of Quasiracemic Villin Headpiece Subdomain Containing (F5Phe10) Substitution 提交 2011-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–825（34 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-825)
突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.46 Å R-free 0.190
3TJW Crystal Structure of Quasiracemic Villin Headpiece Subdomain Containing (F5Phe10) Substitution 提交 2011-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 792–825（34 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-825)
突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.46 Å R-free 0.190
3TRV Crystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain containing (F5Phe17) substitution 提交 2011-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)
突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.00 Å R-free 0.155
3TRV Crystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain containing (F5Phe17) substitution 提交 2011-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 792–826（35 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)
突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.00 Å R-free 0.155
3TRW Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystallized in space group P-1 提交 2011-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)
突变：N818H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.352
3TRW Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain crystallized in space group P-1 提交 2011-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 792–826（35 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)
突变：N818H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.352
3TRY Crystal structure of racemic villin headpiece subdomain in space group I-4c2 提交 2011-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa） 片段：headpiece subdomain (UNP residues 792-826)
突变：N818H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.75；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.230
4CZ3 HP24wt derived from the villin headpiece subdomain 提交 2014-04-16 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 803–826（24 aa） 片段：RESIDUES 803-826
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 10% D2O/90% WATER
分辨率未提供
4CZ4 HP24stab derived from the villin headpiece subdomain 提交 2014-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 803–826（24 aa） 片段：RESIDUES 803-826
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 10% D2O/90% WATER
分辨率未提供
5I1N Villin headpiece subdomain with a Gln26 to beta-3-homoglutamine substitution 提交 2016-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 792–826（35 aa）
链 B 792–826（35 aa）
链 C 792–826（35 aa）
链 D 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG2000MME
分辨率 1.30 Å R-free 0.231
5I1O Villin headpiece subdomain with a Gln26 to ACPC substitution 提交 2016-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 792–826（35 aa）
链 B 792–826（35 aa）
链 C 792–826（35 aa）
链 D 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M sodium acetate, 30% (w/v) PEG 4000
分辨率 1.35 Å R-free 0.204
5I1P Villin headpiece subdomain with a Lys30 to beta-3-homolysine substitution 提交 2016-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 792–826（35 aa）
链 B 792–826（35 aa）
链 C 792–826（35 aa）
链 D 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EOH ETHANOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20% (v/v) ethanol
分辨率 1.40 Å R-free 0.235
5I1S Villin headpiece subdomain with a Lys30 to APC substitution 提交 2016-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 792–826（35 aa）
链 B 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 1.5 M ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG2000MME
分辨率 1.12 Å R-free 0.185
9MF7 Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: Prototype HP35 提交 2024-12-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.52 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, 0.21 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9MF9 Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Ser at Position 15 提交 2024-12-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.44 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Ser15alphaMeSer, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9MFA Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Aib at Position 30 提交 2024-12-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.59 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30Aib, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9MFB Backbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Lys at Position 30 提交 2024-12-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.53 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30alphaMeLys, 0.15 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YLZ Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Leu at Position 28 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.1；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.96 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Leu28beta3Leu, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM0 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 28 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.9；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.91 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Leu28ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM1 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Lys at Position 29 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 0.89 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys29beta3Lys, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM2 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 29 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys29ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM3 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with ACPC at Position 30 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Lys30ACPC, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM4 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with beta3Phe at Position 6 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe6beta3Phe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM5 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Phe at Position 6 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe6alphaMePhe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9YM6 Backbone Modification in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Calpha-methyl-Phe at Position 17 提交 2025-10-09 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 792–826（35 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1
NMR样品组成 1.0 mM Villin-1 headpiece: Met12Nle, Phe17alphaMePhe, 0.2 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 45 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VILI_CHICK
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 792–826

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mf8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mf8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mf8
沉积日期 deposition_date2024-12-09
结构标题 titleBackbone alpha-Methylation in the Villin Headpiece Miniprotein: HP35 with Aib at Position 15
关键词 keywordsminiprotein, heterogeneous backbone, proteomimetic, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier9.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron9.44 Å
零角强度 I(0) i019839000.00
分子量 molecular_weight40418.0 kDa
排除体积 excluded_volume52189 ų
包络体积 envelope_volume7640 ų
水化壳体积 shell_volume6781 ų
包络直径 envelope_diameter34.6 Å
壳层 Rg shell_rg15.22 Å
包络 Rg envelope_rg10.58 Å
形状 Rg shape_rg9.42 Å
总 Rg total_rg9.87 Å
总原子数 total_atoms5850
残基数 n_residues330
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax30.0 Å
Rg (实空间) rg_real9.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal9.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8823
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.8 Å
偏度 Skewness skewness-0.066
峰度 Kurtosis kurtosis-0.734
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4758.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.913
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)