SAXSdb — 9mgf

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mgf
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in a middle state of substrate assembly
关键词 keywords	beta-barrel assembly machine, outer membrane, folding intermediate, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.44 Å
零角强度 I(0) i0	475495000.00
分子量 molecular_weight	170950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	210490 Å³
包络体积 envelope_volume	328780 Å³
水化壳体积 shell_volume	64237 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.17 Å
包络 Rg envelope_rg	41.13 Å
形状 Rg shape_rg	43.44 Å
总 Rg total_rg	43.68 Å
总原子数 total_atoms	23372
残基数 n_residues	1626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.2 Å
Rg (实空间) rg_real	43.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	475600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8954
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.023
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.635
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.787

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	88502.8 kDa
突变 mutation	D512C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23372

AEGFVVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRDGDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPRNRVDLKLVFQEGVSAEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNIDSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYPRVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFYVRKIRFEGNDTSKDAVLRREMRQMEGAWLGSDLVDQGKERLNRLGFFETVDTDTQRVPGSPDQVDVVYKVKERNTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTVDGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTCVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSDQDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTGKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDGLGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFITPTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAEQFQFNIGKTW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamB
分子量 formula_weight	39882.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

CSLFNSEEDVVKMSPLPTVENQFTPTTAWSTSVGSGIGNFYSNLHPALADNVVYAADRAGLVKALNADDGKEIWSVSLAEKDGWFSKEPALLSGGVTVSGGHVYIGSEKAQVYALNTSDGTVAWQTKVAGEALSRPVVSDGLVLIHTSNGQLQALNEADGAVKWTVNLDMPSLSLRGESAPTTAFGAAVVGGDNGRVSAVLMEQGQMIWQQRISQATGSTEIDRLSDVDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQSDLLHRLLTSPVLYNGNLVVGDSEGYLHWINVEDGRFVAQQKVDSSGFQTEPVAADGKLLIQAKDGTVYSITR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamC
分子量 formula_weight	34401.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

CSSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKALDIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGRYQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLPMLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFIDPKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamD
分子量 formula_weight	25816.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

CSGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYYKNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYTTDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAANSSNT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamE
分子量 formula_weight	11610.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

CSTLERVVYRPDINQGNYLTANDVSKIRVGMTQQQVAYALGTPLMSDPFGTNTWFYVFRQQPGHEGVTQQTLTLTFNSSGVLTNIDNKPALSGNGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	62908.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKEGFVVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRDGDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPRNRVDLKLVFQENTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTVDGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTDVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSDQDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTCKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDGLGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFITPTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAEQFQFNIGKTW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 polymer

描述 description	Unknown peptide
分子量 formula_weight	635.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

XXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	208738

fit	/app/data/saxs_computation/mg/9mgf/9mgf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/9mgf/9mgf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/9mgf/9mgf.dat

beta-barrel assembly machine from Escherichia coli in a middle state of substrate assembly

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)