SAXSdb — 9min

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9min
沉积日期 deposition_date	2024-12-13
最后修订 last_revision	2025-08-06
结构标题 title	Structure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01
关键词 keywords	complex, immune system, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.68 Å
零角强度 I(0) i0	330866000.00
分子量 molecular_weight	144890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180540 Å³
包络体积 envelope_volume	234470 Å³
水化壳体积 shell_volume	54875 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.7 Å
壳层 Rg shell_rg	42.39 Å
包络 Rg envelope_rg	34.12 Å
形状 Rg shape_rg	34.66 Å
总 Rg total_rg	35.27 Å
总原子数 total_atoms	10208
残基数 n_residues	1258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	330900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6952
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.862

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I antigen
分子量 formula_weight	32139.6 kDa
突变 mutation	insertion of MG at N-terminus - cloning artifact
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	10482

MGGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11936.4 kDa
突变 mutation	insertion of MG at N-terminus - cloning artifact
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MGIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Cancer/testis antigen 1
分子量 formula_weight	1090.3 kDa
突变 mutation	C9V
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

SLLMWITQV

Entity 4 polymer

描述 description	designed minibinder KH46
分子量 formula_weight	15361.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

MGAAERLQKMLEEAKELLKKSKEYLEKAKKLLKEGKVDEALKELEKALLYLVEAVNLLRVVSAELGDAELKALVEEAEKYLNKAVTYYYKAKLTKDPEEKKKYVEKSIEYAEKALKIAEEAVKLAEKVVAAAAALE

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	nanobody AD01
分子量 formula_weight	12762.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

EVKLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGSIFSINTMGWYRQTPGKQRDLVADISSGGSTKYGDSVKGRFTISRDNTKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCYGLSYSNDDYWGQGTQVTVSSGAP

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	270

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.452 Å
晶胞边长 b length_b	98.536 Å
晶胞边长 c length_c	155.743 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	49.270 Å
R 因子 r_factor	0.2550
R_work r_work	0.2548
R_free r_free	0.2673

fit	/app/data/saxs_computation/mi/9min/9min.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mi/9min/9min.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mi/9min/9min.dat

Structure of a designed minibinder to NYESO1-A*02:01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)