9mj4

Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;V-type proton ATPase subunit c' ;

物种未注明

UniProt P32842

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–164 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VATL2_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

;V-type proton ATPase subunit c'' ;

物种未注明

UniProt P23968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–213 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VATO_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–213; UniProt 1–213

V0 assembly protein 1

物种未注明

UniProt P53262

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 1–265 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VOA1_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–265; UniProt 1–265

V-type proton ATPase subunit e

物种未注明

UniProt Q3E7B6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–73 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VA0E_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–73; UniProt 1–73

V-type proton ATPase subunit c

物种未注明

UniProt P25515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–160 链 F; UniProt 1–160 链 G; UniProt 1–160 链 H; UniProt 1–160 链 I; UniProt 1–160 链 J; UniProt 1–160 链 K; UniProt 1–160 链 L; UniProt 1–160 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VATL1_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 F; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 G; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 H; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 I; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 J; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 K; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 L; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160

Yeast V-ATPase subunit f

物种未注明

UniProt P0C5R9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–85 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 YP17B_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–85; UniProt 1–85

V-type proton ATPase subunit d

物种未注明

UniProt P32366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–345 未记录 ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform × 1 (P32563) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VA0D_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–345; UniProt 1–345

V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform

物种未注明

UniProt P32563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–840 突变:C-terminal calmodulin binding peptide ;V-type proton ATPase subunit c' ; × 1 (P32842) ;V-type proton ATPase subunit c'' ; × 1 (P23968) V0 assembly protein 1 × 1 (P53262) V-type proton ATPase subunit e × 1 (Q3E7B6) V-type proton ATPase subunit c × 8 (P25515) Yeast V-ATPase subunit f × 1 (P0C5R9) V-type proton ATPase subunit d × 1 (P32366) Nanobody 2WVA149 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LEICA EM GP2 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 VPH1_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–840; UniProt 1–840

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mj4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mj4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mj4
沉积日期 deposition_date2024-12-13
结构标题 titleYeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149
关键词 keywordsVacuolar ATPase, Vo proton channel, lipid nanodisc, nanobody, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.68
零角强度 I(0) i01327900000.00
分子量 molecular_weight326890.0 kDa
排除体积 excluded_volume419180 ų
包络体积 envelope_volume579730 ų
水化壳体积 shell_volume102810 ų
包络直径 envelope_diameter146.9
壳层 Rg shell_rg53.82
包络 Rg envelope_rg43.51
形状 Rg shape_rg44.69
总 Rg total_rg45.03
总原子数 total_atoms46607
残基数 n_residues3035
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.3
Rg (实空间) rg_real45.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real1.3280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1328000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8901
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.5
偏度 Skewness skewness0.072
峰度 Kurtosis kurtosis-0.484
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha108700000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)