SAXSdb — 9mov

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor Va heavy chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–737 链 B； UniProt 1574–2224	片段：Domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) 片段：Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224)	Vitamin K-dependent protein C × 1 （P04070） Vitamin K-dependent protein C heavy chain × 1 （P04070） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MOV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CZS CRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 DOMAIN OF HUMAN COAGULATION FACTOR V: COMPLEX WITH PHENYLMERCURY 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2065–2224（160 aa）片段：C2 DISCOIDIN-LIKE DOMAIN	未记录	PHG PHENYLMERCURY × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.2；AMMONIUM SULFATE, pH 10.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
1CZT CRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 DOMAIN OF HUMAN COAGULATION FACTOR V 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2065–2224（160 aa）片段：C2 DISCOIDIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.2；AMMONIUM SULFATE, pH 10.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.87 Å R-free 0.242
1CZV CRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 DOMAIN OF HUMAN COAGULATION FACTOR V: DIMERIC CRYSTAL FORM 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2065–2224（160 aa）片段：C2 DISCOIDIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1CZV CRYSTAL STRUCTURE OF THE C2 DOMAIN OF HUMAN COAGULATION FACTOR V: DIMERIC CRYSTAL FORM 提交 1999-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2065–2224（160 aa）片段：C2 DISCOIDIN-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10；pH 10.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
3P6Z Structural basis of thrombin mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	NA SODIUM ION × 3 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 30 mM Ca2+, 30 mM Mg2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3P6Z Structural basis of thrombin mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	NA SODIUM ION × 6 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 30 mM Ca2+, 30 mM Mg2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 O 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3P70 Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction 提交 2010-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 685–737（53 aa）片段：FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 NA SODIUM ION × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.279
3S9C Russell's viper venom serine proteinase, RVV-V in complex with the fragment (residues 1533-1546) of human factor V 提交 2011-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1561–1574（14 aa）片段：UNP residues 1561-1574	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 4 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；20% PEG 3350, 0.2M zinc acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
7KVE Cryo-EM structure of human Factor V at 3.3 Angstrom resolution 提交 2020-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–2224（2196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7KVF Cryo-EM structure of human Factor V at 3.6 Angstrom resolution 提交 2020-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–2224（2196 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7KXY Cryo-EM structure of human Factor Va at 4.4 Angstrom resolution 提交 2020-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–737（709 aa）片段：UNP residues 29-737 链 B 1574–2224（651 aa）片段：UNP residues 1574-2224	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7TPP Cryo-em structure of human prothrombin:prothrombinase at 4.1 Angstrom resolution 提交 2022-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 29–737（709 aa）片段：domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) 链 D 1574–2224（651 aa）片段：domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20mM Hepes, 150mM NaCl, 5mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8FDG Cryo-EM structure of coagulation factor V short 提交 2022-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–783（755 aa）链 A 1487–2224（738 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；2 second blot 20 second wait time	分辨率 3.20 Å
8TN9 Structural architecture of the acidic region of the B domain of coagulation factor V 提交 2023-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–2224（2196 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9CTH Preliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano discs 提交 2024-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 29–737（709 aa）片段：Domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) 链 E 1574–2224（651 aa）片段：Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.47 Å
9I2H A 3.3 angstrom cryo-EM structure of an engineered high-affinity human prothrombinase complex 提交 2025-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 29–737（709 aa）链 B 1574–2224（651 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES, 150mM NaCl and 5mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9MOT Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–737（709 aa）片段：Domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) 链 B 1574–2224（651 aa）片段：Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9YQ8 Cryo-EM complex of meizothrombinDESF1, factor Xa, and factor Va 提交 2025-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1574–2224（651 aa）片段：Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224) 链 B 29–702（674 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å

共 16 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–709； UniProt 29–737 作者链 B； PDB构建体 1–651； UniProt 1574–2224

Vitamin K-dependent protein C

Homo sapiens

UniProt P04070

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 43–188 链 D； UniProt 212–451	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S360A	Coagulation factor Va heavy chain × 1 （P12259） Coagulation factor Va light chain × 1 （P12259） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液：pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MOV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AUT Human activated protein C 提交 1996-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 212–461（250 aa）链 L 84–197（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.7；0.1 M CITRATE, 20% ISOPROPANOL 2% PEG 20000 PH 4.7	分辨率 2.80 Å
1LQV Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C. 提交 2002-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 43–75（33 aa）片段：Protein C Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
1LQV Crystal structure of the Endothelial protein C receptor with phospholipid in the groove in complex with Gla domain of protein C. 提交 2002-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 43–75（33 aa）片段：Protein C Gla domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；peg 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
3F6U Crystal structure of human Activated Protein C (APC) complexed with PPACK 提交 2008-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 212–451（240 aa）片段：UNP residues 212-451 链 L 91–188（98 aa）片段：UNP residues 91-188	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 43–75（33 aa）片段：GLA domain (UNP residues 43-75)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3JTC Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins 提交 2009-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 43–75（33 aa）片段：GLA domain (UNP residues 43-75)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 204–223（20 aa）片段：UNP residues 204-223	未记录	NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
4DT7 Crystal structure of thrombin bound to the activation domain QEDQVDPRLIDGKMTRRGDS of protein C 提交 2012-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 204–223（20 aa）片段：UNP residues 204-223	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M Na acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
6M3B hAPC-c25k23 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 212–461（250 aa）链 D 43–197（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1% n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.5, 22% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 212–461（250 aa）链 B 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 212–461（250 aa）链 D 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
6M3C hAPC-h1573 Fab complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 212–461（250 aa）链 I 43–197（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M sodium fluoride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.70 Å R-free 0.302
8JRU Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 205–216（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8JRV Cryo-EM structure of the glucagon receptor bound to glucagon and beta-arrestin 1 提交 2023-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 205–216（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9BVM Vitamin K-dependent gamma-carboxylase with protein C propeptide and glutamate-rich region and with vitamin K hydroquinone 提交 2024-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 19–88（70 aa）	未记录	A1AVC vitamin K1 hydroquinone × 1 6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9MOT Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C 提交 2024-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 212–451（240 aa）	突变：S360A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 40uM n-Dodecyl-B-D-Maltoside cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 43–188 作者链 D； PDB构建体 1–240； UniProt 212–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mov
沉积日期 deposition_date	2024-12-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C
关键词 keywords	Coagulation, Activated Factor V, Activated Protein C, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.42 Å
零角强度 I(0) i0	592365000.00
分子量 molecular_weight	197660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	246180 Å³
包络体积 envelope_volume	336220 Å³
水化壳体积 shell_volume	65848 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.23 Å
包络 Rg envelope_rg	43.40 Å
形状 Rg shape_rg	42.36 Å
总 Rg total_rg	42.85 Å
总原子数 total_atoms	13898
残基数 n_residues	1698
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	592300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8628
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.841

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coagulation factor Va heavy chain
分子量 formula_weight	81274.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13898

AQLRQFYVAAQGISWSYRPEPTNSSLNLSVTSFKKIVYREYEPYFKKEKPQSTISGLLGPTLYAEVGDIIKVHFKNKADKPLSIHPQGIRYSKLSEGASYLDHTFPAEKMDDAVAPGREYTYEWSISEDSGPTHDDPPCLTHIYYSHENLIEDFNSGLIGPLLICKKGTLTEGGTQKTFDKQIVLLFAVFDESKSWSQSSSLMYTVNGYVNGTMPDITVCAHDHISWHLLGMSSGPELFSIHFNGQVLEQNHHKVSAITLVSATSTTANMTVGPEGKWIISSLTPKHLQAGMQAYIDIKNCPKKTRNLKKITREQRRHMKRWEYFIAAEEVIWDYAPVIPANMDKKYRSQHLDNFSNQIGKHYKKVMYTQYEDESFTKHTVNPNMKEDGILGPIIRAQVRDTLKIVFKNMASRPYSIYPHGVTFSPYEDEVNSSFTSGRNNTMIRAVQPGETYTYKWNILEFDEPTENDAQCLTRPYYSDVDIMRDIASGLIGLLLICKSRSLDRRGIQRAADIEQQAVFAVFDENKSWYLEDNINKFCENPDEVKRDDPKFYESNIMSTINGYVPESITTLGFCFDDTVQWHFCSVGTQNEILTIHFTGHSFIYGKRHEDTLTLFPMRGESVTVTMDNVGTWMLTSMNSSPRSKKLRLKFRDVKCIPDDDEDSYEIFEPPESTVMATRKMHDRLEPEDEESDADYDYQNRLAAALGIR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coagulation factor Va light chain
分子量 formula_weight	75283.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNNGNRRNYYIAAEEISWDYSEFVQRETDIEDSDDIPEDTTYKKVVFRKYLDSTFTKRDPRGEYEEHLGILGPIIRAEVDDVIQVRFKNLASRPYSLHAHGLSYEKSSEGKTYEDDSPEWFKEDNAVQPNSSYTYVWHATERSGPESPGSACRAWAYYSAVNPEKDIHSGLIGPLLICQKGILHKDSNMPMDMREFVLLFMTFDEKKSWYYEKKSRSSWRLTSSEMKKSHEFHAINGMIYSLPGLKMYEQEWVRLHLLNIGGSQDIHVVHFHGQTLLENGNKQHQLGVWPLLPGSFKTLEMKASKPGWWLLNTEVGENQRAGMQTPFLIMDRDCRMPMGLSTGIISDSQIKASEFLGYWEPRLARLNNGGSYNAWSVEKLAAEFASKPWIQVDMQKEVIITGIQTQGAKHYLKSCYTTEFYVAYSSNQINWQIFKGNSTRNVMYFNGNSDASTIKENQFDPPIVARYIRISPTRAYNRPTLRLELQGCEVNGCSTPLGMENGKIENKQITASSFKKSWWGDYWEPFRARLNAQGRVNAWQAKANNNKQWLEIDLLKIKKITAIITQGCKSLSSEMYVKSYTIHYSEQGVEWKPYRLKSSMVDKIFEGNTNTKGHVKNFFNPPIISRFIRVIPKTWNQSIALRLELFGCDIY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vitamin K-dependent protein C
分子量 formula_weight	16832.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ANSFLEELRHSSLERECIEEICDFEEAKEIFQNVDDTLAFWSKHVDGDQCLVLPLEHPCASLCCGHGTCIDGIGSFSCDCRSGWEGRFCQREVSFLNCSLDNGGCTHYCLEEVGWRRCSCAPGYKLGDDLLQCHPAVKFPCGRPWK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Vitamin K-dependent protein C heavy chain
分子量 formula_weight	26949.8 kDa
突变 mutation	S360A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

LIDGKMTRRGDSPWQVVLLDSKKKLACGAVLIHPSWVLTAAHCMDESKKLLVRLGEYDLRRWEKWELDLDIKEVFVHPNYSKSTTDNDIALLHLAQPATLSQTIVPICLPDSGLAERELNQAGQETLVTGWGYHSSREKEAKRNRTFVLNFIKIPVVPHNECSEVMSNMVSENMLCAGILGDRQDACEGDAGGPMVASFHGTWFLVGLVSWGEGCGLLHNYGVYTKVSRYLDWIHGHIRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	384239

fit	/app/data/saxs_computation/mo/9mov/9mov.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mo/9mov/9mov.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mo/9mov/9mov.dat

Cryo-EM structure of factor Va bound to activated protein C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor Va heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vitamin K-dependent protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)