SAXSdb — 9mxa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Friend leukemia integration 1 transcription factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 259–399 链 D； UniProt 259–399	片段：DNA-binding domain (residues 259-399)	;DNA (5'-D(GPAPCPCPGPGPAPAPGPGPAPAPGPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPAPCPTPTPCPCPTPTPCPCPGPGPTPC)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 2 M ammonium phosphate	分辨率 2.59 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MXA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FLI DNA-BINDING DOMAIN OF FLI-1 提交 1994-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 276–373（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1X66 Solution structure of the SAM_PNT-domain of the human friend LEUKEMIAINTEGRATION 1 transcription factor 提交 2005-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–198（85 aa）片段：SAM_PNT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 ambient NMR样品组成 1.17mM SAM_PNT DOMAIN, 20mM TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YTU Solution structure of the SAM_PNT-domain of the human friend LEUKEMIAINTEGRATION 1 transcription factor 提交 2007-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–220（121 aa）片段：SAM_PNT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.24mM SAM_PNT DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5E8G Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 提交 2015-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399 链 C 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399	未记录	CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M Co2+ sulfate heptahydrate, 24% PEG 4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5E8G Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 提交 2015-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399 链 D 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399	未记录	CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M sodium acetate pH 5.5, 0.1 M Co2+ sulfate heptahydrate, 24% PEG 4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5E8I Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with a 10-mer DNA ACCGGAAGTG 提交 2015-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399 链 G 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M CaCl2, 14% w/v PEG 8000	分辨率 3.45 Å R-free 0.271
5E8I Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with a 10-mer DNA ACCGGAAGTG 提交 2015-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 D 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399 链 J 276–399（124 aa）片段：UNP residues 276-399	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M CaCl2, 14% w/v PEG 8000	分辨率 3.45 Å R-free 0.271
5JVT Crystal structure of the DNA binding domain of transcription factor FLI1 in complex with an 11-mer DNA GACCGGAAGTG 提交 2016-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 276–375（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6	分辨率 3.10 Å R-free 0.237
5JVT Crystal structure of the DNA binding domain of transcription factor FLI1 in complex with an 11-mer DNA GACCGGAAGTG 提交 2016-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 276–375（100 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6	分辨率 3.10 Å R-free 0.237
5JVT Crystal structure of the DNA binding domain of transcription factor FLI1 in complex with an 11-mer DNA GACCGGAAGTG 提交 2016-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 276–375（100 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；1.6 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6	分辨率 3.10 Å R-free 0.237
6VG2 Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with 16-mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 276–375（100 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.90 Å R-free 0.294
6VG2 Crystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with 16-mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 276–375（100 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；1.6 M ammonium sulfate	分辨率 3.90 Å R-free 0.294
6VG8 Crystal structure of the DNA binding domains of human FLI1 and Runx2 in complex with 16-mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 276–375（100 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；7% w/v PEG 4000, 50 mM Na Citrate, pH 5.6, 4% v/v isopropanol	分辨率 4.31 Å R-free 0.283
6VGD Crystal structure of the DNA binding domain (DBD) of human FLI1 and the complex of the DBD of human Runx2 with core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 276–375（100 aa）片段：DNA binding domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0	分辨率 4.20 Å R-free 0.293
9CP6 Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (residues 259-371) 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 259–371（113 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Hepes, pH 6.5, 1 M Na citrate	分辨率 1.66 Å R-free 0.235
9MWY Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 in complex with a DNA containing four contiguous GGAA sites 提交 2025-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399) 链 C 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399) 链 D 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399) 链 L 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399)	突变：F362A 突变：F362A 突变：F362A 突变：F362A	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Tris, pH 6.5, 0.7 M sodium acetate	分辨率 3.28 Å R-free 0.281
9MX8 Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 in complex with a DNA containing three contiguous GGAA sites 提交 2025-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 259–375（117 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-375) 链 C 259–375（117 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-375) 链 D 259–375（117 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-375)	突变：F362A 突变：F362A 突变：F362A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, 1.6 M sodium acetate, added cryoprotectant: 34% sucrose	分辨率 3.15 Å R-free 0.278
9MX9 Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (F362A) in complex with a DNA containing two contiguous GGAA sites 提交 2025-01-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399) 链 D 259–399（141 aa）片段：DNA-binding domain (residues 259-399)	突变：F362A 突变：F362A	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18% PEG8000	分辨率 2.55 Å R-free 0.250

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–145； UniProt 259–399 作者链 D； PDB构建体 5–145； UniProt 259–399

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mxa
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
结构标题 title	Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (wild-type) in complex with a DNA containing two contiguous GGAA sites
关键词 keywords	;Ewing sarcoma, transcription factor, oncogenesis, bone tumor, drug target, deregulation, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.09 Å
零角强度 I(0) i0	23558800.00
分子量 molecular_weight	30855.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35881 Å³
包络体积 envelope_volume	44629 Å³
水化壳体积 shell_volume	19554 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.12 Å
包络 Rg envelope_rg	19.33 Å
形状 Rg shape_rg	19.10 Å
总 Rg total_rg	19.79 Å
总原子数 total_atoms	2139
残基数 n_residues	219
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3560e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8808
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3368000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Friend leukemia integration 1 transcription factor
分子量 formula_weight	16786.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	2144

GPHMQPDPYQILGPTSSRLANPGSGQIQLWQFLLELLSDSANASCITWEGTNGEFKMTDPDEVARRWGERKSKPNMNYDKLSRALRYYYDKNIMTKVHGKRYAYKFDFHGIAQALQPHPTESSMYKYPSDISYMPSYHAHQQKVN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPCPCPGPGPAPAPGPGPAPAPGPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4708.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GACCGGAAGGAAGTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPCPTPTPCPCPTPTPCPCPGPGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4471.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CACTTCCTTCCGGTC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.949 Å
晶胞边长 b length_b	96.949 Å
晶胞边长 c length_c	185.748 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2618
R_work r_work	0.2605
R_free r_free	0.2874

fit	/app/data/saxs_computation/mx/9mxa/9mxa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mx/9mxa/9mxa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mx/9mxa/9mxa.dat

Crystal structure of the DNA binding domain of FLI1 (wild-type) in complex with a DNA containing two contiguous GGAA sites

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Friend leukemia integration 1 transcription factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)