SAXSdb — 9nav

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IgG receptor FcRn large subunit p51

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） Capsid polyprotein VP90 × 2 （A0A3G6VE21） Capsid polyprotein VP70 × 4 （O12792）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FCGRN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–267； UniProt 24–290 作者链 I； PDB构建体 1–267； UniProt 24–290

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	IgG receptor FcRn large subunit p51 × 2 （P55899） Capsid polyprotein VP90 × 2 （A0A3G6VE21） Capsid polyprotein VP70 × 4 （O12792）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119 作者链 J； PDB构建体 1–99； UniProt 21–119

Capsid polyprotein VP90

物种未注明

UniProt A0A3G6VE21

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	IgG receptor FcRn large subunit p51 × 2 （P55899） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） Capsid polyprotein VP70 × 4 （O12792）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3G6VE21_HASV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–644； UniProt 1–644 作者链 D； PDB构建体 1–644； UniProt 1–644

Capsid polyprotein VP70

物种未注明

UniProt O12792

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	IgG receptor FcRn large subunit p51 × 2 （P55899） Beta-2-microglobulin × 2 （P61769） Capsid polyprotein VP90 × 2 （A0A3G6VE21）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_HASV1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–418； UniProt 1–418 作者链 C； PDB构建体 1–418； UniProt 1–418 作者链 E； PDB构建体 1–418； UniProt 1–418 作者链 F； PDB构建体 1–418； UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nav
沉积日期 deposition_date	2025-02-12
结构标题 title	CryoEM structure of human astrovirus 1 spike in complex with human neonatal Fc receptor
关键词 keywords	;spike protein, FcRn, FCGRT, VP90, ORF2, VIRUS, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9nav__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9nav__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9nav__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.40 Å
Rg（电子密度）	53.02 Å
总 Rg	53.15 Å
原子数	24270
残基数	3168
排除体积	431260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9nav__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IgG receptor FcRn large subunit p51
分子量 formula_weight	29720.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I
原子数 atom_count	24270

AESHLSLLYHLTAVSSPAPGTPAFWVSGWLGPQQYLSYNSLRGEAEPCGAWVWENQVSWYWEKETTDLRIKEKLFLEAFKALGGKGPYTLQGLLGCELGPDNTSVPTAKFALNGEEFMNFDLKQGTWGGDWPEALAISQRWQQQDKAANKELTFLLFSCPHRLREHLERGRGNLEWKEPPSMRLKARPSSPGFSVLTCSAFSFYPPELQLRFLRNGLAAGTGQGDFGPNSDGSFHASSSLTVKSGDEHHYCCIVQHAGLAQPLRVEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid polyprotein VP90
分子量 formula_weight	70096.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

MASKSNKQVTVEVSNNGRNRSKSRARSQSRGRDKSVKITVNSRNRARRQPGRDKRQSSQRVRNIVNKQLRKQGVTGPKPAICQRATATLGTVGSNTSGTTEIEACILLNPVLVKDATGSTQFGPVQALGAQYSMWKLKYLNVKLTSMVGASAVNGTVLRVSLNPTSTPSSTSWSGLGARKHLDVTVGKNATFKLKPSDLGGPRDGWWLTNTNDNASDTLGPSIEIHTLGRTMSSYKNEQFTGGLFLVELASEWCFTGYAANPNLVNLVKSTDNQVPVTFEGSAGSPLIMNVPEGSHFARTVLARSTTPTTLARAGERTTSDTVWQVLNTAVSAAELVTPPPFNWLVKGGWWFVKLIAGRTRTGSRSFYVYPSYQDALSNKPALCTGSTPGGMRTRNPVTTTLQFTQMNQPSLGHGEAPAAFGRSIPAPGEEFKVVLTFGSPMSPNANNKQTWVNKSLDAPSGHYNVKIAKDVDHYLTMQGFTSIASVDWYTTDFQPSEAPAPIQGLQVLVNISKKADVYAVKQFVTAQTNNKHQVTSLFLVKVTTGFQVNNYLSYFYRASATGDATTNLLVRGDTYTAGISFTQGGWYLLTNTSIVDGAMPPGWVWNNVELKTNTAYHMDKGLVHLIMPLPESTQMCYEMLTSI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid polyprotein VP70
分子量 formula_weight	45173.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

MASKSNKQVTVEVSNNGRNRSKSRARSQSRGRDKSVKITVNSRNRARRQPGRDKRQSSQRVRNIVNKQLRKQGVTGPKPAICQRATATLGTVGSNTSGTTEIEACILLNPVLVKDATGSTQFGPVQALGAQYSMWKLKYLNVKLTSMVGASAVNGTVLRVSLNPTSTPSSTSWSGLGARKHLDVTVGKNATFKLKPSDLGGPRDGWWLTNTNDNASDTLGPSIEIHTLGRTMSSYKNEQFTGGLFLVELASEWCFTGYAANPNLVNLVKSTDNQVPVTFEGSAGSPLIMNVPEGSHFARTVLARSTTPTTLARAGERTTSDTVWQVLNTAVSAAELVTPPPFNWLVKGGWWFVKLIAGRTRTGSRSFYVYPSYQDALSNKPALCTGSTPGGMRTRNPVTTTLQFTQMNQPSLGHGEAP

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.810 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.81 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	54839

CryoEM structure of human astrovirus 1 spike in complex with human neonatal Fc receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IgG receptor FcRn large subunit p51

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid polyprotein VP90

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid polyprotein VP70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nav__assembly_1__model_1

9nav__assembly_1__model_1 | I(q)

9nav__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of human astrovirus 1 spike in complex with human neonatal Fc receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IgG receptor FcRn large subunit p51

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid polyprotein VP90

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid polyprotein VP70

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nav__assembly_1__model_1

9nav__assembly_1__model_1 | I(q)

9nav__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)