9nbj

Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64C

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Papain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 134–345	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NBJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BP4 USE OF PAPAIN AS A MODEL FOR THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF CATHEPSIN K INHIBITORS. CRYSTAL STRUCTURES OF TWO PAPAIN INHIBITOR COMPLEXES DEMONSTRATE BINDING TO S'-SUBSITES. 提交 1998-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：NON	未记录	ALD N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-1-hydroxy-4-methylpentan-2-yl]-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
1BQI USE OF PAPAIN AS A MODEL FOR THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF CATHEPSIN K INHIBITORS. CRYSTAL STRUCTURES OF TWO PAPAIN INHIBITOR COMPLEXES DEMONSTRATE BINDING TO S'-SUBSITES. 提交 1998-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	SBA CARBOBENZYLOXY-(L)-LEUCINYL-(L)LEUCINYL METHOXYMETHYLKETONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.306
1CVZ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PAPAIN WITH CLIK148(CATHEPSIN L SPECIFIC INHIBITOR) 提交 1999-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：RESIDUES 134-345	未记录	C48 N1-(1-DIMETHYLCARBAMOYL-2-PHENYL-ETHYL)-2-OXO-N4-(2-PYRIDIN-2-YL-ETHYL)-SUCCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；277 K；sodium chloride, methanol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
1KHP Monoclinic form of papain/ZLFG-DAM covalent complex 提交 2001-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain, Residues 134-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.2；292 K；68% methanol/ethanol (2:1), 34 mM NaCl, 50 mM 2-aminoethanol/HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1KHQ ORTHORHOMBIC FORM OF PAPAIN/ZLFG-DAM COVALENT COMPLEX 提交 2001-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain, Residues 134-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.2；292 K；72% methanol/ethanol (2:1), 34 mM NaCl, 50 mM 2-aminoethanol/HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.169
1PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1PE6 REFINED X-RAY STRUCTURE OF PAPAIN(DOT)E-64-C COMPLEX AT 2.1-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1 MOH METHANOL × 14	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PIP CRYSTAL STRUCTURE OF PAPAIN-SUCCINYL-GLN-VAL-VAL-ALA-ALA-P-NITROANILIDE COMPLEX AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION: NONCOVALENT BINDING MODE OF A COMMON SEQUENCE OF ENDOGENOUS THIOL PROTEASE INHIBITORS 提交 1992-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1POP X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PAPAIN-LEUPEPTIN COMPLEX 提交 1993-06-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 24	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PPD RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE SULFHYDRYL PROTEASE PAPAIN TO 2.0 ANGSTROMS 提交 1984-11-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1PPN STRUCTURE OF MONOCLINIC PAPAIN AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	UNL UNKNOWN LIGAND × 1 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1PPP CRYSTAL STRUCTURE OF PAPAIN-E64-C COMPLEX. BINDING DIVERSITY OF E64-C TO PAPAIN S2 AND S3 SUBSITES 提交 1993-03-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1STF THE REFINED 2.4 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN STEFIN B IN COMPLEX WITH THE CYSTEINE PROTEINASE PAPAIN: A NOVEL TYPE OF PROTEINASE INHIBITOR INTERACTION 提交 1993-04-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.37 Å
2CIO The high resolution x-ray structure of papain complexed with fragments of the Trypanosoma brucei cysteine protease inhibitor ICP. 提交 2006-03-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；50% ETHANOL, 0.01M NA ACETATE, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
2PAD BINDING OF CHLOROMETHYL KETONE SUBSTRATE ANALOGUES TO CRYSTALLINE PAPAIN 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
3E1Z Crystal structure of the parasite protesase inhibitor chagasin in complex with papain 提交 2008-08-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–345（212 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 10 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.0M ammonium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.208
3IMA Complex structure of tarocystatin and papain 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG MME 2000, 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.233
3IMA Complex structure of tarocystatin and papain 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 134–345（212 aa）片段：Papain domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG MME 2000, 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.233
3LFY CTD of Tarocystatin in complex with papain 提交 2010-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SER SERINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3LFY CTD of Tarocystatin in complex with papain 提交 2010-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–345（212 aa）片段：Papain DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SER SERINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3TNX Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 2.6 Angstroem resolution 提交 2011-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；8.0% PEG 3350, 0.1M Na-acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.236
3TNX Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 2.6 Angstroem resolution 提交 2011-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；8.0% PEG 3350, 0.1M Na-acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.236
3USV Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 3.8 A resolution from a crystal soaked at pH 4 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；CS37 of Hampton Research, soaked overnight in NaOAc buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.80 Å R-free 0.408
3USV Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 3.8 A resolution from a crystal soaked at pH 4 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；CS37 of Hampton Research, soaked overnight in NaOAc buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.80 Å R-free 0.408
4PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	TCK N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
4QRG Crystal structure of I86L mutant of papain 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86L, C132A, V139S, G143S, K281R	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4QRG Crystal structure of I86L mutant of papain 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86L, C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4QRV Crystal structure of I86F mutant of papain 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86F, C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.249
4QRV Crystal structure of I86F mutant of papain 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86F, C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.249
4QRX Crystal structure of pro-papain mutant at pH 4.0 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.14 Å R-free 0.254
4QRX Crystal structure of pro-papain mutant at pH 4.0 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.14 Å R-free 0.254
5PAD BINDING OF CHLOROMETHYL KETONE SUBSTRATE ANALOGUES TO CRYSTALLINE PAPAIN 提交 1976-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
6H8T Crystal structure of Papain modify by achiral Ru(II)complex 提交 2018-08-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 YXZ chloro[N,N-di(pyridin-2-yl-kappaN)pentane-1,5-diamine]ruthenium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；277 K；35% PEG400, 50mM sodium acetate, 100mM lithium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6H8T Crystal structure of Papain modify by achiral Ru(II)complex 提交 2018-08-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 134–345（212 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 6 YXX chloro(1-{5-[di(pyridin-2-yl-kappaN)amino]pentyl}pyrrolidine-2,5-dione)ruthenium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；277 K；35% PEG400, 50mM sodium acetate, 100mM lithium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	0PC Nalpha-[(benzyloxy)carbonyl]-N-[(1S)-3-chloro-1-methyl-2-oxopropyl]-L-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
6TCX Papain bound to a natural cysteine protease inhibitor from Streptomyces mobaraensis 提交 2019-11-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 134–345（212 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 N1W (2~{R})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]amino]butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 80% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 1.65 Å R-free 0.221
9CKT X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E-64 提交 2024-07-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.50 Å R-free 0.219
9CKW X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E-64D 提交 2024-07-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.40 Å R-free 0.175
9CKY X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with novel biosynthetic inhibitor amine-65 提交 2024-07-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
9CLH X-ray diffraction structure of the apo form of papain 提交 2024-07-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
9EG7 X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E64-C 提交 2024-11-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (sitting well); 66% methanol, sodium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.165
9N9D MicroED structure of papain co-crystallized with E-64C 提交 2025-02-10	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
9NAE MicroED structure of papain co-crystallized with E-64 提交 2025-02-11	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9NAG MicroED structure of the apo-form of papain 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
9NAO MicroED structure of papain complexed with natural product E64-A65 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
9NAR MicroED structure of papain microcrystals soaked with E-64 for 10 minutes 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.206
9NAT X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with leupeptin 提交 2025-02-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；59% methanol, 889 mM NaCl in reservoir, 66% methanol in sitting well	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
9NAX MicroED structure of the papain-E-64 complex from microcrystals soaked with crude biosynthetic reaction mixture 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
9NAY MicroED structure of papain complexed with natural product E-64-A65 from microcrystals soaked in crude biosynthetic reaction mixture 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
9NB2 X-ray diffraction structure of papain soaked with E-64 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl and 59% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.50 Å R-free 0.212
9NB4 Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with natural product E-64-A65 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 59% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
9NB7 Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with natural product E405 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1BWT (3R)-4-({(2S)-1-[(5-acetamidopentyl)amino]-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
9NBF Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64 提交 2025-02-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
9NBK Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64D 提交 2025-02-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
9NBN Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with a mixture of E-64, E-64C, and E-64D 提交 2025-02-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1BWS (3S)-4-{[(2S)-1-amino-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.238
9NBP MicroED structure of the papain-E-64 complex from microcrystals mixed on-grid with microarrayed ligand 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
9NBQ MicroED structure of papain co-crystallized with E-64D 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
9NC1 MicroED structure of papain-E-64 complex from microcrystals soaked with protease inhibitor cocktail 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9NCA MicroED structure of microcrystals soaked with a mixture of E-64, E-64C, and E-64D 提交 2025-02-15	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1 E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
9NCC Serial synchrotron X-ray diffraction structure of the apo form of papain 提交 2025-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM sodium chloride, 59% methanol in reservoir, 66% methanol in sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.233
9PAP STRUCTURE OF PAPAIN REFINED AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1986-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MOH METHANOL × 29	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAPA1_CARPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 134–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nbj
沉积日期 deposition_date	2025-02-13
最后修订 last_revision	2025-03-26
结构标题 title	Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64C
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, Enzyme, Serial, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.11 Å
零角强度 I(0) i0	10414000.00
分子量 molecular_weight	23751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29616 Å³
包络体积 envelope_volume	31918 Å³
水化壳体积 shell_volume	16370 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.4 Å
壳层 Rg shell_rg	22.46 Å
包络 Rg envelope_rg	16.49 Å
形状 Rg shape_rg	16.10 Å
总 Rg total_rg	17.18 Å
总原子数 total_atoms	1677
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8123
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.333
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2797000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	42.500 Å
晶胞边长 b length_b	48.900 Å
晶胞边长 c length_c	101.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	44.050 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2100

描述 description	Papain
分子量 formula_weight	23452.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1823

Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Papain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE
分子量 formula_weight	316.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

fit	/app/data/saxs_computation/nb/9nbj/9nbj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nb/9nbj/9nbj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nb/9nbj/9nbj.dat