9nf6

Cg10062 E114N mutant with a covalent hydroxypropionate and acrylate intermediate of the hydration of acetylenecarboxylic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nf6
沉积日期 deposition_date	2025-02-20
最后修订 last_revision	2025-04-02
结构标题 title	Cg10062 E114N mutant with a covalent hydroxypropionate and acrylate intermediate of the hydration of acetylenecarboxylic acid
关键词 keywords	Cg10062, Tautomerase, acetylenecarboxylic acid, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.74 Å
零角强度 I(0) i0	166563000.00
分子量 molecular_weight	102280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127500 Å³
包络体积 envelope_volume	153370 Å³
水化壳体积 shell_volume	39982 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.46 Å
包络 Rg envelope_rg	32.77 Å
形状 Rg shape_rg	32.74 Å
总 Rg total_rg	33.19 Å
总原子数 total_atoms	7213
残基数 n_residues	883
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.5 Å
Rg (实空间) rg_real	33.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8300
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.516
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.695; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.857

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	4-oxalocrotonate tautomerase
分子量 formula_weight	17100.2 kDa
突变 mutation	E114N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7294

PTYTCWSQRIRISREAKQRIAEAITDAHHELAHAPKYLVQVIFNEVEPDSYFIAAQSASENHIWVQATIRSGRTEKQKEELLLRLTQEIALILGIPNEEVWVYITEIPGSNMTNYGRLLMEPGEEEKWFNSLPEGLRERLTELEGSSE

来源 Source

来源生物 organism	Corynebacterium glutamicum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1718
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACRYLIC ACID
分子量 formula_weight	72.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-PROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	152.396 Å
晶胞边长 b length_b	88.062 Å
晶胞边长 c length_c	79.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.630 Å
最低分辨率 resolution_low	33.490 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.1941
R_free r_free	0.2928

fit	/app/data/saxs_computation/nf/9nf6/9nf6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nf/9nf6/9nf6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nf/9nf6/9nf6.dat

Cg10062 E114N mutant with a covalent hydroxypropionate and acrylate intermediate of the hydration of acetylenecarboxylic acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction