SAXSdb — 9nh1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major outer membrane protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Outer membrane protein, OmpA family protein × 1 （Q5ZXS4） LphA (DotK) × 1 （Q5ZYC5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZRC1_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 B； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

Outer membrane protein, OmpA family protein

物种未注明

UniProt Q5ZXS4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Major outer membrane protein × 3 （Q5ZRC1） LphA (DotK) × 1 （Q5ZYC5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZXS4_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

LphA (DotK)

物种未注明

UniProt Q5ZYC5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Major outer membrane protein × 3 （Q5ZRC1） Outer membrane protein, OmpA family protein × 1 （Q5ZXS4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC5_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nh1
沉积日期 deposition_date	2025-02-23
结构标题 title	In situ cryo-EM structure of porin I of the Legionella Dot/Icm T4SS machine
关键词 keywords	Type IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9nh1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9nh1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9nh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.35 Å
Rg（电子密度）	35.16 Å
总 Rg	35.53 Å
原子数	8925
残基数	1122
排除体积	156440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9nh1__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major outer membrane protein
分子量 formula_weight	32155.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8925

MFSLKKTAVAVLALGSGAVFAGTMGPVCTPGNVTVPCERTAWDIGITALYLQPIYDADWGYNGFTQVGGWRHWHDVDHEWDWGFKLEGSYHFNTGNDINVNWYHFDNDSDHWFDFANWHNYNNKWDAVNAELGQFVDFSANKKMRFHGGVQYARIEADVNRYFNNFAFNGFNSKFNGFGPRTGLDMNYVFGNGFGIYAKGAAAILVGTSDFYDGIGFVTGSKNAIVPELEAKLGADYTYAMAQGDLTLDVGYMWFNYFNAMHNTATNGLETDFAASGPYIGLKYVGNV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein, OmpA family protein
分子量 formula_weight	27582.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRNLMRCLIMIKSLIKGVDMSRKLAKTRILGYGLMICFLAGCFHPPYNNFQPDRRAVKRVGVDTGIGAVAGAIASGTASGTLIGAAAGGTVGLVASIYRDSKRKIIRDLQKQDIQYVEYGDTRTLIIPTDKYFMFSSPRLNEICYPGLNNVIRLLNFYPQSTIYVAGFTDNVGSRSHKRKLSQAQAETMMTFLWANGIAAKRLKAEGYGDKNAISDNAIIHGSAQNRRIEIQWFTSPAQPPQPQMAYVK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LphA (DotK)
分子量 formula_weight	21096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRSLRTNYIYVLFKTTGLLFLLLLSACNRSGYIPENEVPKLPCRVDGACDATIIKMMTDLNKKGIKVASVGQNYLISIPASALFADQSPRLNWASYSLLNEIAAFLKQFRKIAITVTSYSSKYVSVKRERALTLARSRVVSEYLWSQGVDSRIIFTQGLGSDKPITSYTLGGDRSPNARVEITFRRAVA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	993337

In situ cryo-EM structure of porin I of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major outer membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein, OmpA family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LphA (DotK)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nh1__assembly_1__model_1

9nh1__assembly_1__model_1 | I(q)

9nh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (2)

In situ cryo-EM structure of porin I of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major outer membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein, OmpA family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LphA (DotK)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9nh1__assembly_1__model_1

9nh1__assembly_1__model_1 | I(q)

9nh1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (2)