9ngu

In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 320.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ngu
沉积日期 deposition_date	2025-02-22
结构标题 title	In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine
关键词 keywords	Type IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	133.80 Å
零角强度 I(0) i0	58421800000.00
分子量 molecular_weight	2096100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2635300 Å³
包络体积 envelope_volume	5044300 Å³
水化壳体积 shell_volume	304180 Å³
包络直径 envelope_diameter	415.5 Å
壳层 Rg shell_rg	146.40 Å
包络 Rg envelope_rg	123.60 Å
形状 Rg shape_rg	133.90 Å
总 Rg total_rg	133.70 Å
总原子数 total_atoms	147498
残基数 n_residues	18915
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	320.7 Å
Rg (实空间) rg_real	129.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6000e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2090e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	127.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56260000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9074
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	204.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.165
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.052
角度范围 angular_range	— – 0.0550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.6873
最高正则化参数 α highest_alpha	610800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	12
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.987; Stabil: 0.957; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	DotD
分子量 formula_weight	17860.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ae,Ak,Ao,Au,Ay,Be,Bi,Bo,Bs,By,Cc,Ci,Cm,Cs,Cw,Dc,Dg,Dm,Dq,Dw,Ea,Eg,Ek,Eq,Eu
原子数 atom_count	147498

MNNNKIVIMFIFSALLAGCAGTMKFKKPPINNPSDDATIKLAEAAVSVSDSMLEMAKVEKVITPPSKDNTLTIPNAYNLQARASVDWSGPIEELTARIAKAAHFRFRVLGKSPSVPVLISISTKDESLAEILRDIDYQAGKKASIHVYPNSQVVELRYAKIYS

Entity 2 polymer

描述 description	LphA (DotK)
分子量 formula_weight	21096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ab,Al,Av,Bf,Bp,Bz,Cj,Ct,Dd,Dn,Dx,Eh,Er

MRSLRTNYIYVLFKTTGLLFLLLLSACNRSGYIPENEVPKLPCRVDGACDATIIKMMTDLNKKGIKVASVGQNYLISIPASALFADQSPRLNWASYSLLNEIAAFLKQFRKIAITVTSYSSKYVSVKRERALTLARSRVVSEYLWSQGVDSRIIFTQGLGSDKPITSYTLGGDRSPNARVEITFRRAVA

Entity 3 polymer

描述 description	Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein
分子量 formula_weight	36095.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ac,Am,Aw,Bg,Bq,Ca,Ck,Cu,De,Do,Dy,Ei,Es

MLKRCYLLILLMFVLASCAHHKPQTPPAEVKKQGTSSTRQFRQVSSFNQIVVQGRLNVNLHTGYNKPEVMLRGDPRDLVQVRTIVKQNTLYVSLGQGYPDYGAVTVDIKTKFLNRFRYEGAGVVTGNNLRTSYLDLYLANEGTTRLAGNIGLQKLEAVGNGVTQINGVSSRNLQIVLKGDPKVLISGFVNLRQLDMYGKGTLSLYWIKSDTLTIRAKKAAKIQLAGIVNRLDVELWDFAQFKGKYLRAQRSFVKTHDKSVAEISAVNHQSSLATDASDIYYYNLSKTRADFMAFNGSVLDMREWGQSDLKDFDRYNKQFP

Entity 4 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch protein homolog
分子量 formula_weight	13598.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ad,An,Ax,Bh,Br,Cb,Cl,Cv,Df,Dp,Dz,Ej,Et

MLFLKIKTNQRTTMNILKPKAFLLASVFVLSISPAFAADGCCSKMGGINYCDSSAGRLVCNNGFYSTCYCTRHAVMDLQFLMGCCLWHGGVYPQLNSSGLVVCNDGYVSEECSLQKPVEQISVY

Entity 5 polymer

描述 description	IcmG (DotF)
分子量 formula_weight	29730.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Af,Ap,Az,Bj,Bt,Cd,Cn,Cx,Dh,Dr,Eb,El,Ev

MMAEHDQNNDEYKFAELDSYDMDQAGESDLDSEASYQSGKEGLTKKKDIKRNALIAIGAVVFIMVMYKIIGWMFFSDKSSQVTSKPAIPPVTQVATPQPVQTIPTTTPIQQVQPTTIIEDDPDLKKKVSAIEMTQQSLRSEVNALSEQINAVNNNIKNLNAQIVNLNQIIGNMSNQIARQSEVINVLMARTTPKKVVKVSRPIVQARIIYYIQAVIPGRAWLIGSNGSTLTVREGSKIPGYGMVKLIDSLQGRILTSSGQVIKFSQEDS

Entity 6 polymer

描述 description	IcmK (DotH)
分子量 formula_weight	38958.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ag,Aq,Ba,Bk,Bu,Ce,Co,Cy,Di,Ds,Ec,Em,Ew

MMKKYDQLCKYCLVIGLTFSMSCSIYAADQSDDAQQALQQLRMLQQKLSQNPSPDAQSGAGDGGDNAASDSTQQPNQSGQANAPAANQTATAGGDGQIISQDDAEVIDKKAFKDMTRNLYPLNPEQVVKLKQIYETSEYAKAATPGTPPKPTATSQFVNLSPGSTPPVIRLSQGFVSSLVFLDSTGAPWPIAAYDLGDPSSFNIQWDKTSNTLMIQATKLYNYGNLAVRLRGLNTPVMLTLIPGQKAVDYRVDLRVQGYGPNAKSMPTEEGIPPSANDLLLHVLEGVPPPGSRRLVVSGGDARAWLSNEKMYVRTNLTILSPGWLASMTSADGTHAYEMQKSPVLLVSWHGKVMQLKVEGL

Entity 7 polymer

描述 description	Outer membrane protein, OmpA family protein
分子量 formula_weight	27582.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ah,Ar,Bb,Bl,Bv,Cf,Cp,Cz,Dj,Dt,Ed,En,Ex

MRNLMRCLIMIKSLIKGVDMSRKLAKTRILGYGLMICFLAGCFHPPYNNFQPDRRAVKRVGVDTGIGAVAGAIASGTASGTLIGAAAGGTVGLVASIYRDSKRKIIRDLQKQDIQYVEYGDTRTLIIPTDKYFMFSSPRLNEICYPGLNNVIRLLNFYPQSTIYVAGFTDNVGSRSHKRKLSQAQAETMMTFLWANGIAAKRLKAEGYGDKNAISDNAIIHGSAQNRRIEIQWFTSPAQPPQPQMAYVK

Entity 8 polymer

描述 description	DotC
分子量 formula_weight	34162.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ai,As,Bc,Bm,Bw,Cg,Cq,Da,Dk,Du,Ee,Eo,Ey

MRKFILSLSILLSALLVACSSRNHYGDTGSLAGLQAMADSKYTRAQKKQKMGKIREMALKETALSVGAQAGLAWRAKIIDEQLNKQARNLDAIYDFNSLVLEHNILPPVLLEGRNTLNLADAQSIRISDRTYKVAKQAHFITTPPTWRQYLWMDYVKPEAPNVTLLPKTKAEKEIWCIYTERGWKNGIDQANTILEENIARIKEDFGGMILYRKLLAMNMVSPPYVSHTDLGVTGDGSEIHIDDRVLRITALPELNVNSAEWRAAVAKDENALERFKNMEKLANQAKIVITNKSWQPIIAPVS

Entity 9 polymer

描述 description	Secreted protein
分子量 formula_weight	10348.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aj,At,Bd,Bn,Bx,Ch,Cr,Db,Dl,Dv,Ef,Ep,Ez

MKNKLAVSILLFLLPTAAAMANCDLTKFRWDCDLPVQVKPSPASSLLVYCGSSYGYITKQQYDILARYQRASVNMVLDINGEYIDSPCIGAER

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76409

fit	/app/data/saxs_computation/ng/9ngu/9ngu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ng/9ngu/9ngu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ng/9ngu/9ngu.dat

In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)