9ngv

In situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 198.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ngv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ngv
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9ngv
沉积日期 deposition_date2025-02-22
结构标题 titleIn situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine.
关键词 keywordsType IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier74.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron73.55
零角强度 I(0) i04818660000.00
分子量 molecular_weight597780.0 kDa
排除体积 excluded_volume751670 ų
包络体积 envelope_volume1306900 ų
水化壳体积 shell_volume144230 ų
包络直径 envelope_diameter197.5
壳层 Rg shell_rg85.68
包络 Rg envelope_rg66.37
形状 Rg shape_rg73.53
总 Rg total_rg73.81
总原子数 total_atoms42066
残基数 n_residues5454
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.5
Rg (实空间) rg_real73.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28
I(0) (实空间) i0_real4.8190e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0390e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal75.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4830000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7593
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary132.3
偏度 Skewness skewness-0.246
峰度 Kurtosis kurtosis-1.029
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha159400000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.799; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)