9ngu

In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DotD

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZS45_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Aa； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ae； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ak； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ao； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Au； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ay； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Be； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Bi； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Bo； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Bs； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 By； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Cc； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ci； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Cm； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Cs； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Cw； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dc； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dg； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dm； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dq； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Dw； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ea； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Eg； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Ek； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Eq； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163 作者链 Eu； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

LphA (DotK)

物种未注明

UniProt Q5ZYC5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZYC5_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Ab； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Al； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Av； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Bf； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Bp； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Bz； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Cj； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Ct； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Dd； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Dn； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Dx； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Eh； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189 作者链 Er； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein

物种未注明

UniProt Q5ZRN3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZRN3_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Ac； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Am； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Aw； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Bg； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Bq； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Ca； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Ck； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Cu； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 De； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Do； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Dy； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Ei； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320 作者链 Es； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

Neurogenic locus notch protein homolog

物种未注明

UniProt Q5ZXA9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZXA9_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Ad； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 An； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Ax； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Bh； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Br； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Cb； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Cl； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Cv； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Df； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Dp； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Dz； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Ej； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124 作者链 Et； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

IcmG (DotF)

物种未注明

UniProt Q5ZYC0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZYC0_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Af； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Ap； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Az； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bj； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Bt； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cd； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cn； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Cx； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Dh； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Dr； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Eb； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 El； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269 作者链 Ev； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

IcmK (DotH)

物种未注明

UniProt Q5ZYC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZYC2_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Ag； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Aq； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ba； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bk； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Bu； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ce； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Co； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Cy； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Di； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ds； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ec； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Em； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 Ew； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Outer membrane protein, OmpA family protein

物种未注明

UniProt Q5ZXS4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） DotC × 13 （Q5ZS44） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZXS4_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Ah； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Ar； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Bb； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Bl； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Bv； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cf； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cp； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Cz； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Dj； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Dt； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Ed； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 En； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 Ex； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

DotC

物种未注明

UniProt Q5ZS44

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） Secreted protein × 13 （A0AAN5PM39）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q5ZS44_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Ai； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 As； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Bc； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Bm； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Bw； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Cg； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Cq； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Da； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Dk； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Du； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Ee； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Eo； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 Ey； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

Secreted protein

物种未注明

UniProt A0AAN5PM39

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 130	DotD × 26 （Q5ZS45） LphA (DotK) × 13 （Q5ZYC5） Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein × 13 （Q5ZRN3） Neurogenic locus notch protein homolog × 13 （Q5ZXA9） IcmG (DotF) × 13 （Q5ZYC0） IcmK (DotH) × 13 （Q5ZYC2） Outer membrane protein, OmpA family protein × 13 （Q5ZXS4） DotC × 13 （Q5ZS44）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0AAN5PM39_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 Aj； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 At； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Bd； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Bn； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Bx； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Ch； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Cr； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Db； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Dl； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Dv； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Ef； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Ep； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 Ez； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ngu
沉积日期 deposition_date	2025-02-22
结构标题 title	In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine
关键词 keywords	Type IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ngu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ngu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ngu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	133.80 Å
总 Rg	133.70 Å
原子数	147498
残基数	18915
排除体积	2635300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ngu__assembly_1__model_1`	130-meric （130）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DotD
分子量 formula_weight	17860.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ae,Ak,Ao,Au,Ay,Be,Bi,Bo,Bs,By,Cc,Ci,Cm,Cs,Cw,Dc,Dg,Dm,Dq,Dw,Ea,Eg,Ek,Eq,Eu
原子数 atom_count	147498

MNNNKIVIMFIFSALLAGCAGTMKFKKPPINNPSDDATIKLAEAAVSVSDSMLEMAKVEKVITPPSKDNTLTIPNAYNLQARASVDWSGPIEELTARIAKAAHFRFRVLGKSPSVPVLISISTKDESLAEILRDIDYQAGKKASIHVYPNSQVVELRYAKIYS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LphA (DotK)
分子量 formula_weight	21096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ab,Al,Av,Bf,Bp,Bz,Cj,Ct,Dd,Dn,Dx,Eh,Er

MRSLRTNYIYVLFKTTGLLFLLLLSACNRSGYIPENEVPKLPCRVDGACDATIIKMMTDLNKKGIKVASVGQNYLISIPASALFADQSPRLNWASYSLLNEIAAFLKQFRKIAITVTSYSSKYVSVKRERALTLARSRVVSEYLWSQGVDSRIIFTQGLGSDKPITSYTLGGDRSPNARVEITFRRAVA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein
分子量 formula_weight	36095.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ac,Am,Aw,Bg,Bq,Ca,Ck,Cu,De,Do,Dy,Ei,Es

MLKRCYLLILLMFVLASCAHHKPQTPPAEVKKQGTSSTRQFRQVSSFNQIVVQGRLNVNLHTGYNKPEVMLRGDPRDLVQVRTIVKQNTLYVSLGQGYPDYGAVTVDIKTKFLNRFRYEGAGVVTGNNLRTSYLDLYLANEGTTRLAGNIGLQKLEAVGNGVTQINGVSSRNLQIVLKGDPKVLISGFVNLRQLDMYGKGTLSLYWIKSDTLTIRAKKAAKIQLAGIVNRLDVELWDFAQFKGKYLRAQRSFVKTHDKSVAEISAVNHQSSLATDASDIYYYNLSKTRADFMAFNGSVLDMREWGQSDLKDFDRYNKQFP

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch protein homolog
分子量 formula_weight	13598.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ad,An,Ax,Bh,Br,Cb,Cl,Cv,Df,Dp,Dz,Ej,Et

MLFLKIKTNQRTTMNILKPKAFLLASVFVLSISPAFAADGCCSKMGGINYCDSSAGRLVCNNGFYSTCYCTRHAVMDLQFLMGCCLWHGGVYPQLNSSGLVVCNDGYVSEECSLQKPVEQISVY

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IcmG (DotF)
分子量 formula_weight	29730.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Af,Ap,Az,Bj,Bt,Cd,Cn,Cx,Dh,Dr,Eb,El,Ev

MMAEHDQNNDEYKFAELDSYDMDQAGESDLDSEASYQSGKEGLTKKKDIKRNALIAIGAVVFIMVMYKIIGWMFFSDKSSQVTSKPAIPPVTQVATPQPVQTIPTTTPIQQVQPTTIIEDDPDLKKKVSAIEMTQQSLRSEVNALSEQINAVNNNIKNLNAQIVNLNQIIGNMSNQIARQSEVINVLMARTTPKKVVKVSRPIVQARIIYYIQAVIPGRAWLIGSNGSTLTVREGSKIPGYGMVKLIDSLQGRILTSSGQVIKFSQEDS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	IcmK (DotH)
分子量 formula_weight	38958.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ag,Aq,Ba,Bk,Bu,Ce,Co,Cy,Di,Ds,Ec,Em,Ew

MMKKYDQLCKYCLVIGLTFSMSCSIYAADQSDDAQQALQQLRMLQQKLSQNPSPDAQSGAGDGGDNAASDSTQQPNQSGQANAPAANQTATAGGDGQIISQDDAEVIDKKAFKDMTRNLYPLNPEQVVKLKQIYETSEYAKAATPGTPPKPTATSQFVNLSPGSTPPVIRLSQGFVSSLVFLDSTGAPWPIAAYDLGDPSSFNIQWDKTSNTLMIQATKLYNYGNLAVRLRGLNTPVMLTLIPGQKAVDYRVDLRVQGYGPNAKSMPTEEGIPPSANDLLLHVLEGVPPPGSRRLVVSGGDARAWLSNEKMYVRTNLTILSPGWLASMTSADGTHAYEMQKSPVLLVSWHGKVMQLKVEGL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Outer membrane protein, OmpA family protein
分子量 formula_weight	27582.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ah,Ar,Bb,Bl,Bv,Cf,Cp,Cz,Dj,Dt,Ed,En,Ex

MRNLMRCLIMIKSLIKGVDMSRKLAKTRILGYGLMICFLAGCFHPPYNNFQPDRRAVKRVGVDTGIGAVAGAIASGTASGTLIGAAAGGTVGLVASIYRDSKRKIIRDLQKQDIQYVEYGDTRTLIIPTDKYFMFSSPRLNEICYPGLNNVIRLLNFYPQSTIYVAGFTDNVGSRSHKRKLSQAQAETMMTFLWANGIAAKRLKAEGYGDKNAISDNAIIHGSAQNRRIEIQWFTSPAQPPQPQMAYVK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DotC
分子量 formula_weight	34162.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ai,As,Bc,Bm,Bw,Cg,Cq,Da,Dk,Du,Ee,Eo,Ey

MRKFILSLSILLSALLVACSSRNHYGDTGSLAGLQAMADSKYTRAQKKQKMGKIREMALKETALSVGAQAGLAWRAKIIDEQLNKQARNLDAIYDFNSLVLEHNILPPVLLEGRNTLNLADAQSIRISDRTYKVAKQAHFITTPPTWRQYLWMDYVKPEAPNVTLLPKTKAEKEIWCIYTERGWKNGIDQANTILEENIARIKEDFGGMILYRKLLAMNMVSPPYVSHTDLGVTGDGSEIHIDDRVLRITALPELNVNSAEWRAAVAKDENALERFKNMEKLANQAKIVITNKSWQPIIAPVS

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Secreted protein
分子量 formula_weight	10348.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aj,At,Bd,Bn,Bx,Ch,Cr,Db,Dl,Dv,Ef,Ep,Ez

MKNKLAVSILLFLLPTAAAMANCDLTKFRWDCDLPVQVKPSPASSLLVYCGSSYGYITKQQYDILARYQRASVNMVLDINGEYIDSPCIGAER

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76409

In situ cryo-EM structure of outer membrane cap (OMC) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DotD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LphA (DotK)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Neurogenic locus notch protein homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmG (DotF)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmK (DotH)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein, OmpA family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DotC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Secreted protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ngu__assembly_1__model_1

9ngu__assembly_1__model_1 | I(q)

9ngu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment