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9nhq

The cryo-EM structure of NmTbpA and NmTbpB in a complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 180.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transferrin-binding protein A

Neisseria meningitidis serogroup B

UniProt Q9JPJ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–915 未记录 Transferrin-binding protein B × 1 （Q9JPI9） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NHQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3V89 The crystal structure of transferrin binding protein A (TbpA) from Neisseria meningitidis serogroup B in complex with the C-lobe of human transferrin 提交 2011-12-22 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–915（891 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；21% PEG 1000, 100mM sodium acetate buffer (pH 4.8), 200mM NaCl, 0.1% LDAO and 3% heptane-1,2,3-triol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
9CLT Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B and transferrin (iron bound to N lobe only) 提交 2024-07-12 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–915（891 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9CMG Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B and transferrin (iron bound in both lobes of Tf) 提交 2024-07-15 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–915（891 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 2 FE FE (III) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9DC4 Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B, transferrin and globular domain of TonB 提交 2024-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–915（891 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9YJW Transferrin Binding Protein A 提交 2025-10-05 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–915（891 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9JPJ0_NEIME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 25–915； UniProt 25–915

Transferrin-binding protein B

Neisseria meningitidis serogroup B

UniProt Q9JPI9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 22–712 未记录 Transferrin-binding protein A × 1 （Q9JPJ0） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NHQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3V8U The crystal structure of transferrin binding protein B (TbpB) from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2011-12-23 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–712（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0 M NaCl and 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.308
3V8U The crystal structure of transferrin binding protein B (TbpB) from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2011-12-23 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 22–712（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.0 M NaCl and 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.308
9CLM Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B and two molecules of transferrin 提交 2024-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–712（712 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 3 FE FE (III) ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9CLT Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B and transferrin (iron bound to N lobe only) 提交 2024-07-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–712（693 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9CMG Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B and transferrin (iron bound in both lobes of Tf) 提交 2024-07-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–712（693 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 2 FE FE (III) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
9DC4 Transferrin Binding Protein A in complex with transferrin binding protein B, transferrin and globular domain of TonB 提交 2024-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 22–712（691 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9PA8 NmTbpB and Tf protein complex 提交 2025-06-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 22–712（691 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 2 FE FE (III) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9YZ4 Neisseria gonorrhoeae Transferrin Binding Protein A in complex with Transferrin Binding Protein B and transferrin (iron bound in N lobe only) 提交 2025-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 21–712（692 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.26 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9JPI9_NEIME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 23–713； UniProt 22–712

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nhq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nhq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nhq
沉积日期 deposition_date2025-02-25
结构标题 titleThe cryo-EM structure of NmTbpA and NmTbpB in a complex
关键词 keywordsNeisseria outer membrane protein, Ton B dependent transporter, lipo protein, iron transport, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.46 Å
零角强度 I(0) i0365154000.00
分子量 molecular_weight151840.0 kDa
排除体积 excluded_volume187400 ų
包络体积 envelope_volume282580 ų
水化壳体积 shell_volume50261 ų
包络直径 envelope_diameter175.5 Å
壳层 Rg shell_rg49.19 Å
包络 Rg envelope_rg49.27 Å
形状 Rg shape_rg50.50 Å
总 Rg total_rg50.27 Å
总原子数 total_atoms10738
残基数 n_residues1400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.1 Å
Rg (实空间) rg_real50.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.57 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal364800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6938
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.4 Å
偏度 Skewness skewness0.520
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28520000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.526; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.437; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)