9nin

The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-86

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nin
沉积日期 deposition_date	2025-02-26
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-86
关键词 keywords	Phosphatidylinositol 3-phosphate, lipid regulator, autophagy, membrane trafficking, endocytosis, enzyme, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.04 Å
零角强度 I(0) i0	114910000.00
分子量 molecular_weight	57002.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55499 Å³
包络体积 envelope_volume	91731 Å³
水化壳体积 shell_volume	30390 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.47 Å
包络 Rg envelope_rg	25.28 Å
形状 Rg shape_rg	25.02 Å
总 Rg total_rg	25.68 Å
总原子数 total_atoms	4337
残基数 n_residues	534
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	114900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9018
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.410
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
分子量 formula_weight	68149.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.137
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4704

MGHHHHHHHHHHAATRDQLNIIVSYPPTKQLTYEEQDLVWKFRYYLTNQEKALTKFLKCVNWDLPQEAKQALELLGKWKPMDVEDSLELLSSHYTNPTVRRYAVARLRQADDEDLLMYLLQLVQALKYENFDDIKNGLEPTKKDSQSSVSENVSNSGINSAEIDSSQIITSPLPSVSSPPPASKTKEVPDGENLEQDLCTFLISRACKNSTLANYLYWYVIVECEDQDTQQRDPKTHEMYLNVMRRFSQALLKGDKSVRVMRSLLAAQQTFVDRLVHLMKAVQRESGNRKKKNERLQALLGDNEKMNLSDVELIPLPLEPQVKIRGIIPETATLFKSALMPAQLFFKTEDGGKYPVIFKHGDDLRQDQLILQIISLMDKLLRKENLDLKLTPYKVLATSTKHGFMQFIQSVPVAEVLDTEGSIQNFFRKYAPSENGPNGISAEVMDTYVKSCAGYCVITYILGVGDRHLDNLLLTKTGKLFHIDFGYILGRDPKPLPPPMKLNKEMVEGMGGTQSEQYQEFRKQCYTAFLHLRRYSNLILNLFSLMVDANIPDIALEPDKTVKKVQDKFRLDLSDEEAVHYMQSLIDESVHALF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazol-6-ol
分子量 formula_weight	268.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 7 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	281

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.159 Å
晶胞边长 b length_b	113.159 Å
晶胞边长 c length_c	145.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	61.250 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1835
R_free r_free	0.2117

fit	/app/data/saxs_computation/ni/9nin/9nin.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ni/9nin/9nin.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ni/9nin/9nin.dat