9nk2

Prenylated-FMN maturase PhdC from Mycolicibacterium fortuitum bound to prenylated flavin mononucleotide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nk2
沉积日期 deposition_date	2025-02-28
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	Prenylated-FMN maturase PhdC from Mycolicibacterium fortuitum bound to prenylated flavin mononucleotide
关键词 keywords	Maturase, homodimer, beta-sandwhich, prFMN, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.01 Å
零角强度 I(0) i0	6089030.00
分子量 molecular_weight	17468.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21706 Å³
包络体积 envelope_volume	24686 Å³
水化壳体积 shell_volume	13895 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.96 Å
包络 Rg envelope_rg	15.36 Å
形状 Rg shape_rg	14.99 Å
总 Rg total_rg	16.15 Å
总原子数 total_atoms	1224
残基数 n_residues	153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3160e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6089000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.471
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1082000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase putative domain-containing protein ;
分子量 formula_weight	18708.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1334

MGSSHHHHHHSQDPMMSKVPGEIAELLRGFPDVDVQEQAFAFLTVDTGGYPHSALLSRTELEPSTDEAVLFAVVASPRTRANLRRTGTAGLIAIDGTTCHHLKLRMTGSLADRGLLACIFSVVDHKRDDLGIPLQPMLFRTSADLAEQEDWPRTRDLFERLRAGYEQQ

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium fortuitum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1766
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol ;
分子量 formula_weight	525.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.192 Å
晶胞边长 b length_b	75.070 Å
晶胞边长 c length_c	80.264 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	29.604 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1561
R_free r_free	0.1866

fit	/app/data/saxs_computation/nk/9nk2/9nk2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nk/9nk2/9nk2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nk/9nk2/9nk2.dat