9nl0

Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nl0
沉积日期 deposition_date	2025-03-02
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein
关键词 keywords	Engineered antibody for Malaria, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.13 Å
零角强度 I(0) i0	40422600.00
分子量 molecular_weight	48302.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59995 Å³
包络体积 envelope_volume	72439 Å³
水化壳体积 shell_volume	25175 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.21 Å
包络 Rg envelope_rg	23.92 Å
形状 Rg shape_rg	24.12 Å
总 Rg total_rg	24.97 Å
总原子数 total_atoms	3400
残基数 n_residues	437
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9049
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.267
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.969

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Heavy Chain of Fab MAM01
分子量 formula_weight	24447.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	3664

EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCTASGFSFGDHAMSWVRQAPGKGLEWVGFIRKTTYGATTHYAAAVRGRFTISRDDSKSTVYLQMNSLKAEDTAVYFCARVQLDYGPGYQYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Circumsporozoite protein
分子量 formula_weight	1207.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

NPNANPNANPNA

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 polymer

描述 description	Light Chain of Fab MAM01
分子量 formula_weight	22949.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGMNSNIGAGYDVYWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSRSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDTSLNGWAFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLVSDFYPGAVTVAWKADGSPVKVGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCRVTHEGSTVEKTVAPAECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	264

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.175 Å
晶胞边长 b length_b	71.549 Å
晶胞边长 c length_c	135.586 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	29.440 Å
R 因子 r_factor	0.1764
R_work r_work	0.1756
R_free r_free	0.2024

fit	/app/data/saxs_computation/nl/9nl0/9nl0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nl/9nl0/9nl0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nl/9nl0/9nl0.dat

Crystal structure of Fab MAM01 in complex with NPNA3 peptide from circumsporozoite protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)