SAXSdb — 9npt

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9npt
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
结构标题 title	RAVV GP in complex with Nanosota-MB1
关键词 keywords	Ravn virus, GP, VIRAL PROTEIN, nanobody; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.60 Å
零角强度 I(0) i0	279958000.00
分子量 molecular_weight	133020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165730 Å³
包络体积 envelope_volume	226940 Å³
水化壳体积 shell_volume	53111 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.69 Å
包络 Rg envelope_rg	33.94 Å
形状 Rg shape_rg	34.58 Å
总 Rg total_rg	35.28 Å
总原子数 total_atoms	9372
残基数 n_residues	1152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	280000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9028
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.039
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	71370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Nanosota-MB1
分子量 formula_weight	17521.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I
原子数 atom_count	9372

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCTASRGTISLYAMAWFRQAPGKEREFVAAISRFYNDFIGYSTNYADSVRARFTISRDNAENTVYLLMNNLKPEDTASYYCAASTEWASESLQYGNWGHESSKYANWGQGTQVTVSSGGQHHHHHHGAYPYDVPDYAS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein GP1
分子量 formula_weight	28645.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

RAMKTIYFLISLILIQSIKTLPVLEIASNSQPQDVDSVCSGTLQKTEDVHLMGFTLSGQKVADSPLEASKRWAFRTGVPPKNVEYTEGEEAKTCYNISVTDPSGKSLLLDPPSNIRDYPKCKTVHHIQGQNPHAQGIALHLWGAFFLYDRVASTTMYRGKVFTEGNIAAMIVNKTVHRMIFSRQGQGYRHMNLTSTNKYWTSSNETQRNDTGCFGILQEYNSTNNQTCPPSLKPPSLPTVTPSIHSTNTQINTAKSGT

来源 Source

来源生物 organism	Ravn virus - Ravn, Kenya, 1987
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	378809
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein GP2
分子量 formula_weight	28195.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

RPPIYFRKKRSIFWKEGDIFPFLDGLINTEIDFDPIPNTETIFDESPSFNTSTNEEQHTPPNISLTFSYFPDKNGDTAYSGENENDCDAELRIWSVQEDDLAAGLSWIPFFGPGIEGLYTAGLIKNQNNLVCRLRRLANQTAKSLELLLRVTTEERTFSLINRIAIDFLLTRWGGTCKVLGPDCCIGIEDLSKNISEQIDKIRKDEQKEETGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Ravn virus - Ravn, Kenya, 1987
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	378809
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	176829

fit	/app/data/saxs_computation/np/9npt/9npt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/9npt/9npt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/9npt/9npt.dat

RAVV GP in complex with Nanosota-MB1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)