9ntb

Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.6 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–404	未记录	A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–404	未记录	A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–404	未记录	A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9NTB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–374（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 9–374（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 9–374（366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.204
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 8–376（369 aa）片段：core domain (UNP residues 8-376)	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.57 Å R-free 0.187
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–375（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 8–375（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 8–375（368 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375 链 B 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375 链 C 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375	未记录	ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 7–375（369 aa）片段：UNP residues 7-375	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate	分辨率 1.72 Å R-free 0.200
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 7–376（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400	分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 7–376（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400	分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 7–376（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400	分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–385（384 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WBD 2,5-dichloro-1H-benzimidazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–376（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5	分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH	分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 2 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH	分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH	分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH	分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.73 Å R-free 0.189
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH	分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8BPC Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex with SAHA at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DTQ The structure of HDAC2-CoREST in complex with KBTBD4R313PRR mutant 提交 2024-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–488（487 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9GGL Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9GGM Cryo-EM structure of KBTBD4 P313PRR mutant-HDAC2 2:2 complex 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–488（488 aa）链 D 1–488（488 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9GGN Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:2 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–488（488 aa）链 D 1–488（488 aa）	未记录	A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9I2C Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2-CoREST1 2:1:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2025-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–404（404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600	分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–404（404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600	分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–404（404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600	分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JWJ Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–404（404 aa）链 B 1–404（404 aa）链 C 1–404（404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L4X N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600	分辨率 1.78 Å R-free 0.202
9K0G Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide 提交 2024-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–404（404 aa）链 B 1–404（404 aa）链 C 1–404（404 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L47 N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600)	分辨率 1.62 Å R-free 0.196

共 47 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDAC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 B； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 C； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ntb
沉积日期 deposition_date	2025-03-18
结构标题 title	Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260
关键词 keywords	inhibitor, zinc metalloenzyme, HDAC1, CoREST, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.26 Å
零角强度 I(0) i0	505549000.00
分子量 molecular_weight	122240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118450 Å³
包络体积 envelope_volume	197700 Å³
水化壳体积 shell_volume	47457 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.21 Å
包络 Rg envelope_rg	34.28 Å
形状 Rg shape_rg	34.27 Å
总 Rg total_rg	34.59 Å
总原子数 total_atoms	9192
残基数 n_residues	1102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	505600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9071
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.703
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	91210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.932

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 2
分子量 formula_weight	45998.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98,3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10178

MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKATAEEMTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAGAVKLNRQQTDMAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQIFKPIISKVMEMYQPSAVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTPEYMEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAVHEDSGDEDGEDPDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide
分子量 formula_weight	383.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	923

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	92.230 Å
晶胞边长 b length_b	97.310 Å
晶胞边长 c length_c	139.010 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.660 Å
R 因子 r_factor	0.1611
R_work r_work	0.1604
R_free r_free	0.1967

fit	/app/data/saxs_computation/nt/9ntb/9ntb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nt/9ntb/9ntb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nt/9ntb/9ntb.dat