9nvv

Cryo-EM structure of V2 apex germline-targeting HIV Env trimer Q23-APEX-GT2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 125.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV envelope gp120

Human immunodeficiency virus 1

UniProt O55774

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 6 其他聚合物 37 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 b; UniProt 30–584 链 c; UniProt 502–654 链 d; UniProt 30–584 链 e; UniProt 502–654 链 f; UniProt 30–584 链 g; UniProt 502–654 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;PBS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O55774_HV1
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–579; UniProt 30–584 作者链 d; PDB构建体 1–579; UniProt 30–584 作者链 f; PDB构建体 1–579; UniProt 30–584 作者链 c; PDB构建体 1–153; UniProt 502–654 作者链 e; PDB构建体 1–153; UniProt 502–654 作者链 g; PDB构建体 1–153; UniProt 502–654

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nvv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nvv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nvv
沉积日期 deposition_date2025-03-21
结构标题 titleCryo-EM structure of V2 apex germline-targeting HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
关键词 keywordsHIV, VIRAL PROTEIN, GERMLINE-TARGETING, IMMUNOGEN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.51
零角强度 I(0) i0730826000.00
分子量 molecular_weight218440.0 kDa
排除体积 excluded_volume272050 ų
包络体积 envelope_volume381720 ų
水化壳体积 shell_volume74724 ų
包络直径 envelope_diameter125.1
壳层 Rg shell_rg48.92
包络 Rg envelope_rg40.19
形状 Rg shape_rg40.50
总 Rg total_rg40.97
总原子数 total_atoms15284
残基数 n_residues1710
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.5
Rg (实空间) rg_real41.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real7.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal731000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9031
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.1
偏度 Skewness skewness-0.023
峰度 Kurtosis kurtosis-0.654
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha108500000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.949

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)