9nyz

Crystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9nyz
沉积日期 deposition_date	2025-03-30
结构标题 title	Crystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101
关键词 keywords	ligand-gated ion channel allosteric modulation NMDA receptor synaptic protein neurotransmitter receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.77 Å
零角强度 I(0) i0	68687500.00
分子量 molecular_weight	64870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81266 Å³
包络体积 envelope_volume	99271 Å³
水化壳体积 shell_volume	32681 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.64 Å
包络 Rg envelope_rg	25.12 Å
形状 Rg shape_rg	24.73 Å
总 Rg total_rg	25.75 Å
总原子数 total_atoms	9058
残基数 n_residues	566
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6921
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.221; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	33340.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9741

GMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
分子量 formula_weight	31785.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHN

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID
分子量 formula_weight	258.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(cyclohexylmethyl)-2-[(5-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamide
分子量 formula_weight	404.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	497

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.474 Å
晶胞边长 b length_b	88.329 Å
晶胞边长 c length_c	137.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.710 Å
最低分辨率 resolution_low	33.280 Å
R 因子 r_factor	0.1692
R_work r_work	0.1683
R_free r_free	0.2019

fit	/app/data/saxs_computation/ny/9nyz/9nyz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/9nyz/9nyz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/9nyz/9nyz.dat

Crystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)