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9nyz

Crystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Rattus norvegicus

UniProt P35439

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 394–544 链 A； UniProt 663–800 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A × 1 （Q00959） DK1 5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 A1B7E N-(cyclohexylmethyl)-2-[(5-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium acetate, PEG 4000 分辨率 1.71 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NYZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PB7 CRYSTAL STRUCTURE OF THE NR1 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH GLYCINE AT 1.35 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2003-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：Ligand Binding Core
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand Binding Core
未记录 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 1000, sodium cacodylate, lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.35 Å R-free 0.216
1PB8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE NR1 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH D-SERINE AT 1.45 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2003-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：Ligand Binding Core
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand Binding Core
未记录 DSN D-SERINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 1000, sodium cacodylate, lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.226
1PB9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE NR1 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH D-CYCLOSERINE AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2003-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：Ligand Binding Core
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand Binding Core
未记录 4AX (R)-4-AMINO-ISOXAZOLIDIN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 1000, sodium cacodylate, lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.227
1PBQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE NR1 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH 5,7-DICHLOROKYNURENIC ACID (DCKA) AT 1.90 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2003-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：Ligand Binding Core
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand Binding Core
未记录 DK1 5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG2000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1PBQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE NR1 LIGAND BINDING CORE IN COMPLEX WITH 5,7-DICHLOROKYNURENIC ACID (DCKA) AT 1.90 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2003-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 未唯一映射 参考区间未声明 片段：Ligand Binding Core
未记录 DK1 5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG2000, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1Y1M Crystal structure of the NR1 ligand binding core in complex with cycloleucine 提交 2004-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 A 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
未记录 AC5 1-AMINOCYCLOPENTANECARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1Y1M Crystal structure of the NR1 ligand binding core in complex with cycloleucine 提交 2004-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 B 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
未记录 AC5 1-AMINOCYCLOPENTANECARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1Y1M Crystal structure of the NR1 ligand binding core in complex with cycloleucine 提交 2004-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 A 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
链 B 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 B 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
未记录 AC5 1-AMINOCYCLOPENTANECARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
1Y1Z Crystal structure of the NR1 ligand binding core in complex with ACBC 提交 2004-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 A 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
未记录 192 1-AMINOCYCLOBUTANECARBOXLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG, pH 6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.50 Å R-free 0.237
1Y20 Crystal structure of the NR1 ligand-binding core in complex with ACPC 提交 2004-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：ligand-binding core
链 A 663–800（138 aa） 片段：ligand-binding core
未记录 1AC 1-AMINOCYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG, pH 6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.220
2A5T Crystal Structure Of The NR1/NR2A ligand-binding cores complex 提交 2005-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：S1S2 ligand-binding core
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, Calcium acetate, pH 7., EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
3Q41 Crystal structure of the GluN1 N-terminal domain (NTD) 提交 2010-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–393（373 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 21-393
链 B 21–393（373 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 21-393
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；protein in (20mM Tris-HCl pH 7.5, 150mM NaCl) was mixed 1:1 with 4M Formate and 20mM TCEP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.40 Å R-free 0.279
3Q41 Crystal structure of the GluN1 N-terminal domain (NTD) 提交 2010-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 21–393（373 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 21-393
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；protein in (20mM Tris-HCl pH 7.5, 150mM NaCl) was mixed 1:1 with 4M Formate and 20mM TCEP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.40 Å R-free 0.279
4KCC Crystal Structure of the NMDA Receptor GluN1 Ligand Binding Domain Apo State 提交 2013-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：Ligand Binding Domain (UNP residues 394-544, 663-800)
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand Binding Domain (UNP residues 394-544, 663-800)
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NaKphosphate, 20% PEG 3350, 2% glycerol, 0.2 M NaCl, 0.01 M Tris, 0.001 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.89 Å R-free 0.206
4KFQ Crystal structure of the NMDA receptor GluN1 ligand binding domain in complex with 1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one 提交 2013-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
未记录 KFQ 1-sulfanyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 9 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one was added as solid compound and the solution was gently shaken overnight. 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, and 30 % PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.20 Å R-free 0.232
4KFQ Crystal structure of the NMDA receptor GluN1 ligand binding domain in complex with 1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one 提交 2013-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
链 B 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
未记录 KFQ 1-sulfanyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 9 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1-thioxo-1,2-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxalin-4(5H)-one was added as solid compound and the solution was gently shaken overnight. 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, and 30 % PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.20 Å R-free 0.232
4NF4 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with DCKA and glutamate 提交 2013-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 393–543（151 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
未记录 2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
4NF5 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and D-AP5 提交 2013-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 393–543（151 aa） 片段：unp residues 393-543; unp residues 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：unp residues 393-543; unp residues 663-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 2JJ 5-phosphono-D-norvaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4NF6 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and PPDA 提交 2013-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 393–543（151 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MMG and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 2.10 Å R-free 0.215
4NF8 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in PEG2000MME 提交 2013-10-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 393–543（151 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：Ligand-binding domain, unp residues 393-543; unp residues 663-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
4PE5 Crystal Structure of GluN1a/GluN2B NMDA Receptor Ion Channel 提交 2014-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：UNP residues 23-847
链 C 23–847（825 aa） 片段：UNP residues 23-847
突变：N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, T561C, E594Q, E595S, E597S, E598T, N771Q, F810C, R844N, R845G, K846A 突变：N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, T561C, E594Q, E595S, E597S, E598T, N771Q, F810C, R844N, R845G, K846A W TUNGSTEN ION × 84 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；PEG 4000, Tris-HCl, NaCl, Magnesium acetate, metatungstate
分辨率 3.96 Å R-free 0.295
5DEX Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, phenyl-ACEPC 提交 2015-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-544, 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-544, 663-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 5E0 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；AMMONIUM ACETATE, PEG 4000
分辨率 2.40 Å R-free 0.285
5FXG GLUN1B-GLUN2B NMDA RECEPTOR IN ACTIVE CONFORMATION 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
链 C 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 6.80 Å
5FXH GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active-1 conformation 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
链 C 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 5.00 Å
5FXI GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure in non-active-2 conformation 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
链 C 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 6.40 Å
5FXJ GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class X 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：ATD.LBD, TMD, UNP RESIDUES 23-868
链 C 23–847（825 aa） 片段：ATD.LBD, TMD, UNP RESIDUES 23-868
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 6.25 Å
5FXK GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class Y 提交 2016-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
链 C 23–847（825 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-868
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE
分辨率 6.40 Å
5I56 Agonist-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with TCN201 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67P N-({4-[2-(benzenecarbonyl)hydrazinecarbonyl]phenyl}methyl)-3-chloro-4-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.28 Å R-free 0.239
5I57 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：unp residues 415-565; 684-821
链 A 684–821（138 aa） 片段：unp residues 415-565; 684-821
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 1.70 Å R-free 0.222
5I58 GLUTAMATE- AND GLYCINE-BOUND GLUN1/GLUN2A AGONIST BINDING DOMAINS WITH MPX-004 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67R 5-({[(3-chloro-4-fluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.52 Å R-free 0.292
5I59 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX 007 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：unp residues 415-565, unp residues 684-821 unp residues 6402-539, unp residues 661-800
链 A 684–821（138 aa） 片段：unp residues 415-565, unp residues 684-821 unp residues 6402-539, unp residues 661-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67Q 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-4H-1lambda~4~,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.25 Å R-free 0.264
5JTY Glutamate- and DCKA-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX-007 提交 2016-05-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：unp residues 415-565; 684-821
链 A 684–821（138 aa） 片段：unp residues 415-565; 684-821
未记录 2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 6ND 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.72 Å R-free 0.278
5U8C CRYSTAL STRUCTURE OF GLUN1/GLUN2A LIGAND-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH GLYCINE AND NVP-AAM077 提交 2016-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 394–544（151 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
链 A 663–800（138 aa） 片段：UNP residues 394-554, 663-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 84J [(R)-{[(1S)-1-(4-bromophenyl)ethyl]amino}(2,3-dihydroxyquinoxalin-5-yl)methyl]phosphonic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；18% Polyethylene glycol monoethylether 2000 (PEG2000 MME), 100mM HEPES-NaOH pH 7.0, and 75mM NaCl
分辨率 1.60 Å R-free 0.204
5VIH Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-fluorophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DZ 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
5VII Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-(3-fluoropropyl)phenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DY 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-[4-(3-fluoropropyl)phenyl]-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.259
5VIJ Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-bromophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DX 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-bromophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
6CNA GluN1-GluN2B NMDA receptors with exon 5 提交 2018-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–859（835 aa） 片段：residues 25-859
链 C 25–859（835 aa） 片段：residues 25-859
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6MM9 Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.97 Å
6MMA Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.31 Å
6MMB Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 12.70 Å
6MMG Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.23 Å
6MMH Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-2' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 8.21 Å
6MMI Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Splayed-Open' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 8.93 Å
6MMJ Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 16.50 Å
6MMK Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.08 Å
6MML Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.14 Å
6MMM Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-1' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.84 Å
6MMN Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 8.0 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.51 Å
6MMP Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 0.1 millimolar EDTA, and at pH 8.0 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.88 Å
6MMR Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, 3 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.13 Å
6MMS Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.38 Å
6MMT Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.46 Å
6MMU Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.30 Å
6MMV Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* Extracellular Domain in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–797（797 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–797（797 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 4.71 Å
6MMW Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.20 Å
6MMX Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
链 C 1–838（838 aa） 片段：UNP residues 1-838
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.99 Å
6OVD Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 3-ethylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 N9A (3S,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(3-ethylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 N9D (3R,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-propylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 415–565（151 aa）
链 A 684–821（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6USU Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with L689,560 and glutamate 提交 2019-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, 684-821
链 A 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, 684-821
未记录 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME
分辨率 2.09 Å R-free 0.222
6USV Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and SDZ 220-040 提交 2019-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：UNP residues 415-565, 684-821
链 A 684–821（138 aa） 片段：UNP residues 415-565, 684-821
未记录 GLY GLYCINE × 1 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
6UZ6 Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate 提交 2019-11-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
链 A 684–821（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.66 Å R-free 0.212
6UZG Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
链 A 684–821（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
未记录 GLY GLYCINE × 1 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.94 Å R-free 0.250
6UZR Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
链 A 684–821（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
未记录 GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6UZW Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
链 A 684–821（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
未记录 GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 2.13 Å R-free 0.247
6UZX Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–565（151 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
链 A 684–821（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 415-565,684-821)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 2.41 Å R-free 0.245
6WHR GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 2 conformation at 4 angstrom resolution 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
6WHS GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 1 conformation at 3.95 angstrom resolution 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6WHT GluN1b-GluN2B NMDA receptor in active conformation at 4.4 angstrom resolution 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
6WHU GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 1 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
6WHV GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 2 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
6WI0 GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with GluN1 antagonist L689,560, class 2 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
7SAA Glycine and glutamate bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors in non-active 1 conformation at 2.97 Angstrom resolution 提交 2021-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
7SAB Phencyclidine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 1PC 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7SAC S-(+)-ketamine bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors at 3.69 Angstrom resolution 提交 2021-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
7SAD Memantine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 377 Memantine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7TE9 Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 class1 提交 2022-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
7TEB Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 non-active1-like 提交 2022-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.23 Å
7TEE Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 Non-active2-like 提交 2022-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.59 Å
7TEQ Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 active conformation 提交 2022-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.51 Å
7TER Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 non-active2 conformation 提交 2022-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.23 Å
7TES Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in Non-active1 conformation 提交 2022-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
7TET Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in non-active2-like conformation 提交 2022-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–859（859 aa）
链 C 1–859（859 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.45 Å
7YFG Structure of the Rat GluN1-GluN2C NMDA receptor in complex with glycine and glutamate (major class in asymmetry) 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7YFH Structure of the Rat GluN1-GluN2C NMDA receptor in complex with glycine, glutamate and (R)-PYD-106 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 IWB methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7YFI Structure of the Rat tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2C NMDA receptor in complex with glycine and glutamate 提交 2022-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–798（798 aa）
链 C 1–798（798 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8HDK Structure of the Rat GluN1-GluN2C NMDA receptor in complex with glycine and glutamate (minor class in symmetry) 提交 2022-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–796（796 aa）
链 C 1–796（796 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
分辨率未提供
8JF7 Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab 提交 2023-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.73 Å
8USW CNQX-bound GluN1a-3A NMDA receptor 提交 2023-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 DQC 7-nitro-2,3-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoxaline-6-carbonitrile × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.23 Å
8VUY Rat GluN1-2B with Fab 003-102 提交 2024-01-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 25–838（814 aa）
链 C 25–838（814 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
8VVH rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–393（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
8XLK Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2023-12-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–938（938 aa）
链 C 1–938（938 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9ARE Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in open-channel conformation 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
9ARF Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in nonactive1 conformation 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9ARG Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in apo conformation 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9ARH Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
9ARI Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glutamate 提交 2024-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–959（959 aa）
链 C 1–959（959 aa）
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9BIB Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in open-channel conformation, C1 symmetry 提交 2024-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
9C7C Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 HP6 HEPTANE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 8 GLY GLYCINE × 2 D12 DODECANE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 D10 DECANE × 2 HEX HEXANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9C7E Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complex with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation, C2 symmetry 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 D12 DODECANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9C7P Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
9C7Q Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A, in complex with glycine and glutamate 提交 2024-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9C7R Diheteromeric GluN1/GluN2A (M817V) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9JNN Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2024-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 25–841（817 aa）
链 C 25–841（817 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
9OBS glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9OBT TMD of glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9OBU glycine/glutamate and Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9OBV Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR (upper) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
9OBW Mg2+ bound GluN1a/2B NMDAR (lower) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9OBX glutamate/glycine and Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
9OBY Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S1) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9OBZ Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S2) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9OC0 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S3) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9OC1 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S4) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å
9OC2 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S5) 提交 2025-04-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9OOU Glycine/Glutamate/EU 1622-240 rGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
突变：N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, N771Q, R844Q, R845G, K846A 突变：N61Q, N239D, N350Q, N471Q, N491Q, N771Q, R844Q, R845G, K846A POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 A1AFT (5M)-5-(3-bromo-4-fluorophenyl)-6-ethynyl-3-[2-(3-fluoro-3-methylazetidin-1-yl)-2-oxoethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9PZQ GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 1), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
9PZR GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 2), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
9PZW GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, glycine and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–847（847 aa）
链 C 1–847（847 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9PZX GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, local ATD dimer 提交 2025-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–847（847 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å

共 114 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDZ1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–152； UniProt 394–544 作者链 A； PDB构建体 155–292； UniProt 663–800

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

Rattus norvegicus

UniProt Q00959

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 402–539 链 B； UniProt 661–802 未记录 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （P35439） DK1 5,7-DICHLORO-4-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1 A1B7E N-(cyclohexylmethyl)-2-[(5-{[(1R)-1-phenylpropyl]amino}-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfanyl]acetamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium acetate, PEG 4000 分辨率 1.71 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NYZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2A5S Crystal Structure Of The NR2A Ligand Binding Core In Complex With Glutamate 提交 2005-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：S1S2 ligand-binding core
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, calcium acetate, pH 7, EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2A5S Crystal Structure Of The NR2A Ligand Binding Core In Complex With Glutamate 提交 2005-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–539（139 aa） 片段：S1S2 ligand-binding core
未记录 GLU GLUTAMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, calcium acetate, pH 7, EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.223
2A5T Crystal Structure Of The NR1/NR2A ligand-binding cores complex 提交 2005-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 401–539（139 aa） 片段：S1S2 ligand-binding core
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；277 K；PEG 8000, HEPES, Calcium acetate, pH 7., EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
4NF4 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with DCKA and glutamate 提交 2013-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
突变：S758T 突变：S758T 2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 2.00 Å R-free 0.217
4NF5 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and D-AP5 提交 2013-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：unp residues 402-539; unp residues 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：unp residues 402-539; unp residues 661-802
突变：S758T 突变：S758T GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 2JJ 5-phosphono-D-norvaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME, HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4NF6 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and PPDA 提交 2013-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
突变：S758T 突变：S758T GLY GLYCINE × 1 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MMG and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 2.10 Å R-free 0.215
4NF8 Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate in PEG2000MME 提交 2013-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：Ligand-binding domain; unp residues 402-539; unp residues 661-802
突变：S758T 突变：S758T GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；PEG2000MME and HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
5DEX Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, phenyl-ACEPC 提交 2015-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
未记录 GLY GLYCINE × 1 5E0 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；AMMONIUM ACETATE, PEG 4000
分辨率 2.40 Å R-free 0.285
5I56 Agonist-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with TCN201 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–800（140 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67P N-({4-[2-(benzenecarbonyl)hydrazinecarbonyl]phenyl}methyl)-3-chloro-4-fluorobenzene-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.28 Å R-free 0.239
5I57 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：unp residues 402-539; 661-800
链 B 661–800（140 aa） 片段：unp residues 402-539; 661-800
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 1.70 Å R-free 0.222
5I58 GLUTAMATE- AND GLYCINE-BOUND GLUN1/GLUN2A AGONIST BINDING DOMAINS WITH MPX-004 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–800（140 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67R 5-({[(3-chloro-4-fluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.52 Å R-free 0.292
5I59 Glutamate- and glycine-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX 007 提交 2016-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–800（140 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67Q 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-4H-1lambda~4~,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulfate and 16-22% PEG 4000
分辨率 2.25 Å R-free 0.264
5JTY Glutamate- and DCKA-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with MPX-007 提交 2016-05-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：unp residues 402-539; 661-800
链 B 661–800（140 aa） 片段：unp residues 402-539; 661-800
未记录 2JK 4-hydroxy-5,7-dimethylquinoline-2-carboxylic acid × 1 6ND 5-({[(3,4-difluorophenyl)sulfonyl]amino}methyl)-6-methyl-N-[(2-methyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.72 Å R-free 0.278
5TPW Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at the GluN2A 提交 2016-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 34–393（360 aa） 片段：residues 34-393
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate 2.5% Isopropanol
分辨率 2.91 Å R-free 0.245
5TQ0 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in the presence of EDTA 提交 2016-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 34–393（360 aa） 片段：residues 34-393
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol
分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5TQ2 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at GluN1 and GluN2A 提交 2016-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 34–393（360 aa） 片段：residues 34-393
未记录 ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol
分辨率 3.29 Å R-free 0.261
5VIH Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-fluorophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–802（142 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DZ 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
5VII Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-(3-fluoropropyl)phenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DY 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-[4-(3-fluoropropyl)phenyl]-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.259
5VIJ Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-bromophenyl-ACEPC 提交 2017-04-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–802（142 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 5DX 5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-bromophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonia Acetate, PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
6MM9 Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.97 Å
6MMA Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.31 Å
6MMB Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 6.1 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.1
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 12.70 Å
6MMG Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.23 Å
6MMH Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-2' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 8.21 Å
6MMI Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Splayed-Open' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 8.93 Å
6MMJ Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Super-Splayed' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 16.50 Å
6MMK Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.08 Å
6MML Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.14 Å
6MMM Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the 'Extended-1' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-09-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.84 Å
6MMN Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 8.0 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 22 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.51 Å
6MMP Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 0.1 millimolar EDTA, and at pH 8.0 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.88 Å
6MMR Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar zinc chloride, 3 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 34 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.13 Å
6MMS Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 millimolar EDTA, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.38 Å
6MMT Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '1-Knuckle' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 7.46 Å
6MMU Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 5.30 Å
6MMV Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* Extracellular Domain in the '2-Knuckle-Asymmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–800（800 aa） 片段：UNP residues 1-800
链 D 1–800（800 aa） 片段：UNP residues 1-800
突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 4.71 Å
6MMW Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the '2-Knuckle-Symmetric' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.20 Å
6MMX Triheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A/GluN2A* in the 'Extended' conformation, in complex with glycine and glutamate, in the presence of 1 micromolar zinc chloride, and at pH 7.4 提交 2018-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
链 D 1–837（837 aa） 片段：UNP residues 1-837
突变：H128S, N687Q 突变：H128S, N687Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted for 3 seconds at blot force 1.
分辨率 6.99 Å
6ODL Crystal structure of GluN2A agonist binding domain with 4-butyl-(S)-CCG-IV 提交 2019-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 404–539（136 aa）
链 B 404–539（136 aa）
未记录 M7V (1S,2R)-2-[(S)-amino(carboxy)methyl]-1-butylcyclopropane-1-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.30 Å R-free 0.283
6OVD Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 3-ethylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 661–802（142 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 N9A (3S,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(3-ethylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.10 Å R-free 0.240
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 662–801（140 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 N9D (3R,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-propylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6OVE Crystal structure of GluN1/GluN2A NMDA receptor agonist binding domains with glycine and antagonist, 4-propylphenyl-ACEPC 提交 2019-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 402–539（138 aa）
链 B 662–801（140 aa）
未记录 N9D (3R,5S)-5-[(2R)-2-amino-2-carboxyethyl]-1-(4-propylphenyl)pyrazolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 16-22% PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6USU Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with L689,560 and glutamate 提交 2019-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
未记录 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME
分辨率 2.09 Å R-free 0.222
6USV Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with glycine and SDZ 220-040 提交 2019-10-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
链 B 661–802（142 aa） 片段：UNP residues 402-539, 661-802
未记录 GLY GLYCINE × 1 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；291 K；0.2 M HEPES, pH 7.0, 60-90 mM sodium chloride, 15-20% PEG2000 MME
分辨率 2.30 Å R-free 0.259
6UZ6 Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and glutamate 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-800)
链 B 661–800（140 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-800)
突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.66 Å R-free 0.212
6UZG Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
链 B 661–802（142 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K GLY GLYCINE × 1 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.94 Å R-free 0.250
6UZR Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and homoquinolinic acid 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
链 B 661–802（142 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
未记录 GLY GLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 QM1 3-(carboxymethyl)pyridine-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 1.87 Å R-free 0.207
6UZW Crystal structure of GLUN1/GLUN2A ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
链 B 661–802（142 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
未记录 GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 2.13 Å R-free 0.247
6UZX Crystal structure of GLUN1/GLUN2A-4M mutant ligand-binding domain in complex with glycine and UBP791 提交 2019-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–539（138 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
链 B 661–802（142 aa） 片段：ligand-binding domain (UNP residues 402-539,661-802)
突变：A414R, K738M, G740R, R741K 突变：A414R, K738M, G740R, R741K GOL GLYCEROL × 2 GLY GLYCINE × 1 QM4 (2S,3R)-1-[7-(2-carboxyethyl)phenanthrene-2-carbonyl]piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 18% PEG2000 MME
分辨率 2.41 Å R-free 0.245
8JF7 Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab 提交 2023-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–842（842 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.73 Å
8XLK Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2023-12-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–1464（1464 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9C7C Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–865（865 aa）
链 D 1–865（865 aa）
未记录 A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 HP6 HEPTANE × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 8 GLY GLYCINE × 2 D12 DODECANE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 D10 DECANE × 2 HEX HEXANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9C7E Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in nanodisc complex with glycine, glutamate, and GNE-4123, open conformation, C2 symmetry 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 A1AUV 4-cyclohexyl-N-[(8R)-2-cyclopropyl-7-hydroxy-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]benzene-1-sulfonamide × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 6 D12 DODECANE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9C7P Diheteromeric GluN1/GluN2A (delM653) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
9C7Q Diheteromeric NMDA receptor GluN1/GluN2A, in complex with glycine and glutamate 提交 2024-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9C7R Diheteromeric GluN1/GluN2A (M817V) in digitonin complexed with glycine, glutamate, and GNE-4123 提交 2024-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9DA9 Crystal structure of GluN1/GluN2A agonist-binding domains in complex with 7CKA and glutamate 提交 2024-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 402–802（401 aa）
未记录 CKA 7-Chlorokynurenic acid × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate and 14-18% PEG 4000
分辨率 2.05 Å R-free 0.228
9PZQ GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 1), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
9PZR GluN1/GluN2A in complex with polyclonal autoantibody Fab fragments (class 2), glycine- and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
9PZW GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, glycine and glutamate-bound state 提交 2025-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–866（866 aa）
链 D 1–866（866 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GLU GLUTAMIC ACID × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9PZX GluN1/GluN2A in complex with 3D2 Fab, local ATD dimer 提交 2025-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–866（866 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.76 Å

共 59 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NMDE1_RAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–139； UniProt 402–539 作者链 B； PDB构建体 142–283； UniProt 661–802

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nyz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nyz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nyz
沉积日期 deposition_date2025-03-30
结构标题 titleCrystal structure of DCKA/glutamate-bound GluN1/GluN2A agonist binding domains with UCM-101
关键词 keywordsligand-gated ion channel allosteric modulation NMDA receptor synaptic protein neurotransmitter receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.77 Å
零角强度 I(0) i068687500.00
分子量 molecular_weight64870.0 kDa
排除体积 excluded_volume81266 ų
包络体积 envelope_volume99271 ų
水化壳体积 shell_volume32681 ų
包络直径 envelope_diameter90.0 Å
壳层 Rg shell_rg32.64 Å
包络 Rg envelope_rg25.12 Å
形状 Rg shape_rg24.73 Å
总 Rg total_rg25.75 Å
总原子数 total_atoms9058
残基数 n_residues566
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.5 Å
Rg (实空间) rg_real25.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68690000.0000
解质量估计 total_estimate0.6921
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary87.0 Å
偏度 Skewness skewness0.239
峰度 Kurtosis kurtosis-0.269
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13860000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.221; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)