9o0q

Crystal structure of GMPPNP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o0q
沉积日期 deposition_date	2025-04-03
结构标题 title	Crystal structure of GMPPNP-bound mutant MRAS in complex with MRTX1133
关键词 keywords	MRAS, RAS, oncoprotein; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.13 Å
零角强度 I(0) i0	69375800.00
分子量 molecular_weight	62617.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77177 Å³
包络体积 envelope_volume	95183 Å³
水化壳体积 shell_volume	29455 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.22 Å
包络 Rg envelope_rg	26.88 Å
形状 Rg shape_rg	27.13 Å
总 Rg total_rg	27.85 Å
总原子数 total_atoms	4382
残基数 n_residues	505
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9045
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.684
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein M-Ras
分子量 formula_weight	20469.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	F74Y, R105H, F106Y, L109Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4877

GMATSAVPSDNLPTYKLVVVGDGGVGKSALTIQFFQKIFVPDYDPTIEDSYLKHTEIDNQWAILDVLDTAGQEEYSAMREQYMRTGDGFLIVYSVTDKASFEHVDHYHQQILRVKDRESFPMILVANKVDLMHLRKITREQGKEMATKHNIPYIETSAKDPPLNVDKAFHDLVRVIRQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	;4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol ;
分子量 formula_weight	600.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	486

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.062 Å
晶胞边长 b length_b	110.880 Å
晶胞边长 c length_c	194.081 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.700 Å
R 因子 r_factor	0.1783
R_work r_work	0.1768
R_free r_free	0.2071

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