9o5g

;Room-temperature joint X-ray/Neutron structure of Thermus thermophilus SHMT in complex with PLP-Gly external aldimine and 5-methyl-tetrahydrofolate (5MTHF) ;

D_max: 91.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o5g
沉积日期 deposition_date	2025-04-10
最后修订 last_revision	2026-02-04
结构标题 title	;Room-temperature joint X-ray/Neutron structure of Thermus thermophilus SHMT in complex with PLP-Gly external aldimine and 5-methyl-tetrahydrofolate (5MTHF) ;
关键词 keywords	PLP-dependent enzyme, glycine external aldimine, 5-methyl-tetrahydrofolate, TRANSFERASE; TRANSFERASE

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.19 Å
零角强度 I(0) i0	133017000.00
分子量 molecular_weight	99827.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126990 Å³
包络体积 envelope_volume	143120 Å³
水化壳体积 shell_volume	41556 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.66 Å
包络 Rg envelope_rg	27.90 Å
形状 Rg shape_rg	27.27 Å
总 Rg total_rg	27.79 Å
总原子数 total_atoms	13816
残基数 n_residues	804
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.305
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	95610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase
分子量 formula_weight	44449.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14376

STLKRDEALFELIALEEKRQREGLELIASENFVSKQVREAVGSVLTNKYAEGYPGARYYGGCEVIDRVESLAIERAKALFGAAWANVQPHSGSQANMAVYMALMEPGDTLMGMDLAAGGHLTHGSRVNFSGKLYKVVSYGVRPDTELIDLEEVRRLALEHRPKVIVAGASAYPRFWDFKAFREIADEVGAYLVVDMAHFAGLVAAGLHPNPLPYAHVVTSTTHKTLRGPRGGLILSNDPELGKRIDKLIFPGIQGGPLEHVIAGKAVAFFEALQPEFKEYSRLVVENAKRLAEELARRGYRIVTGGTDNHLFLVDLRPKGLTGKEAEERLDAVGITVNKNAIPFDPKPPRVTSGIRIGTPAITTRGFTPEEMPLVAELIDRALLEGPSEALREEVRRLALAHPMP

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE]
分子量 formula_weight	306.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID
分子量 formula_weight	459.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	397

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.917 Å
晶胞边长 b length_b	83.683 Å
晶胞边长 c length_c	95.523 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/o5/9o5g/9o5g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/9o5g/9o5g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/9o5g/9o5g.dat