9o8w

Crystal structure of an MKP5 mutant, Y435F, in complex with an allosteric inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual specificity protein phosphatase 10

Homo sapiens

UniProt Q9Y6W6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 320–467 突变:Y435F CJA 3,3-dimethyl-1-{[9-(methylsulfanyl)-5,6-dihydrothieno[3,4-h]quinazolin-2-yl]sulfanyl}butan-2-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;2 M ammonium sulfate (precipitant), 0.1 M HEPES, pH 7.5 (buffer) 分辨率 2.39 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DUS10_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467 作者链 B; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467 作者链 C; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467 作者链 D; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467 作者链 E; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467 作者链 F; PDB构建体 2–149; UniProt 320–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9o8w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9o8w
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9o8w
沉积日期 deposition_date2025-04-16
结构标题 titleCrystal structure of an MKP5 mutant, Y435F, in complex with an allosteric inhibitor
关键词 keywordsMKP5, allosteric inhibitor, allosteric site, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.04
零角强度 I(0) i0156336000.00
分子量 molecular_weight102100.0 kDa
排除体积 excluded_volume128280 ų
包络体积 envelope_volume167280 ų
水化壳体积 shell_volume40864 ų
包络直径 envelope_diameter114.2
壳层 Rg shell_rg40.67
包络 Rg envelope_rg34.29
形状 Rg shape_rg35.05
总 Rg total_rg35.41
总原子数 total_atoms14114
残基数 n_residues884
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.1
Rg (实空间) rg_real35.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91
I(0) (实空间) i0_real1.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal156300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8351
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.2
偏度 Skewness skewness0.164
峰度 Kurtosis kurtosis-0.633
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16460000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)