SAXSdb — 9o91

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Zinc finger protein Helios × 1 （Q9UKS7） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Zinc finger protein Helios × 1 （Q9UKS7） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Zinc finger protein Helios × 1 （Q9UKS7） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Zinc finger protein Helios × 1 （Q9UKS7） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRBN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–111； UniProt 318–426 作者链 C； PDB构建体 3–111； UniProt 318–426 作者链 E； PDB构建体 3–111； UniProt 318–426 作者链 G； PDB构建体 3–111； UniProt 318–426

Zinc finger protein Helios

Homo sapiens

UniProt Q9UKS7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein cereblon × 1 （Q96SW2） (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IKZF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–30； UniProt 136–164 作者链 D； PDB构建体 2–30； UniProt 136–164 作者链 F； PDB构建体 2–30； UniProt 136–164 作者链 H； PDB构建体 2–30； UniProt 136–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o91
沉积日期 deposition_date	2025-04-17
最后修订 last_revision	2025-07-09
结构标题 title	Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure
关键词 keywords	Protein Degrader, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9o91__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9o91__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9o91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.52 Å
Rg（电子密度）	14.57 Å
总 Rg	15.79 Å
原子数	1112
残基数	138
排除体积	19687 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9o91__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9o91__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9o91__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9o91__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	12309.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	4683

GPSTSLSCKQCQETEITTKNEIFSLSLSGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKASNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger protein Helios
分子量 formula_weight	3300.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GGERPFHCNQCGASFTQKGNLLRHIKLHSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione
分子量 formula_weight	443.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	285

▶

晶胞边长 a length_a	46.160 Å
晶胞边长 b length_b	70.180 Å
晶胞边长 c length_c	78.710 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	46.200 Å
R 因子 r_factor	0.1773
R_work r_work	0.1752
R_free r_free	0.2176

Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Zinc finger protein Helios

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9o91__assembly_1__model_1

9o91__assembly_1__model_1 | I(q)

9o91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zinc finger protein Helios

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9o91__assembly_1__model_1

9o91__assembly_1__model_1 | I(q)

9o91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)