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9odr

Structure of CRBN TBD bound to compound C1

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZINC ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
8rq1 8rq8 8rqa 9gy3 9gy3 9odr 9odr 9odr 9odr 9ods 9ods 9ods

共 14 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
9gao

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
9cuo 9cuo

共 2 个 assembly

异源或核酸复合物
10ay 11mr 4m91 4tz4 5fqd 5fqd 5hxb 5hxb 5v3o 6bn7 6bn8 6bn9

共 125 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRBN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–111； UniProt 319–426 作者链 B； PDB构建体 4–111； UniProt 319–426 作者链 C； PDB构建体 4–111； UniProt 319–426 作者链 D； PDB构建体 4–111； UniProt 319–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9odr
沉积日期 deposition_date2025-04-27
结构标题 titleStructure of CRBN TBD bound to compound C1
关键词 keywordsProtein degrader, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9odr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9odr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9odr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）14.65 Å
Rg（电子密度）13.31 Å
总 Rg14.73 Å
原子数879
残基数109
排除体积15624 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9odr__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 9odr__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 9odr__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 9odr__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 引用文献 (1)