9oj3

Crystal structure of the SpyTag003-SpyCatcher003 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oj3
沉积日期 deposition_date	2025-05-06
结构标题 title	Crystal structure of the SpyTag003-SpyCatcher003 complex
关键词 keywords	Complex, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.00 Å
零角强度 I(0) i0	15126000.00
分子量 molecular_weight	23979.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26810 Å³
包络体积 envelope_volume	31095 Å³
水化壳体积 shell_volume	15376 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.94 Å
包络 Rg envelope_rg	17.43 Å
形状 Rg shape_rg	17.29 Å
总 Rg total_rg	17.08 Å
总原子数 total_atoms	2881
残基数 n_residues	190
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.244
角度范围 angular_range	— – 0.4750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	224200.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fibronectin binding protein
分子量 formula_weight	8858.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3029

SATHIKFSKRDEDGRELAGATMELRDSSGKTISTWISDGHVKDFYLYPGKYTFVETAAPDGYEVATPIEFTVNEDGQVTV

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ARG-GLY-VAL-PRO-HIS-ILE-VAL-MET-VAL-ASP-ALA-TYR-LYS-ARG-TYR
分子量 formula_weight	1808.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

RGVPHIVMVDAYKRY

Entity 3 non-polymer

描述 description	6-tungstotellurate(VI)
分子量 formula_weight	1614.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	48.338 Å
晶胞边长 b length_b	67.490 Å
晶胞边长 c length_c	70.072 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	48.610 Å
R 因子 r_factor	0.1350
R_work r_work	0.1343
R_free r_free	0.1488

fit	/app/data/saxs_computation/oj/9oj3/9oj3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oj/9oj3/9oj3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oj/9oj3/9oj3.dat

Crystal structure of the SpyTag003-SpyCatcher003 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)