9om5

Composite map of six VRC35 Fabs and three MEDI8852 Fabs bound to influenza H3N2 Victoria 2011 hemagglutinin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 256.5 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9om5
沉积日期 deposition_date	2025-05-13
结构标题 title	Composite map of six VRC35 Fabs and three MEDI8852 Fabs bound to influenza H3N2 Victoria 2011 hemagglutinin
关键词 keywords	;broadly neutralizing antibody, cryo-EM, hemagglutinin, high mannose, homotypic interactions, influenza A virus, multimeric recognition, N-linked glycan, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.50 Å
零角强度 I(0) i0	5367080000.00
分子量 molecular_weight	608940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	757730 Å³
包络体积 envelope_volume	1191100 Å³
水化壳体积 shell_volume	140670 Å³
包络直径 envelope_diameter	234.0 Å
壳层 Rg shell_rg	65.76 Å
包络 Rg envelope_rg	70.60 Å
形状 Rg shape_rg	72.47 Å
总 Rg total_rg	72.49 Å
总原子数 total_atoms	42837
残基数 n_residues	5424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	256.5 Å
Rg (实空间) rg_real	76.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0770e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5369000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9159
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	93.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.114
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1070
最高正则化参数 α highest_alpha	303700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.858; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.696

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	38937.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	42837

MKTIIALSHILCLVFAQKLPGNDNSTATLCLGHHAVPNGTIVKTICNDQIEVTNATELVQNSSIGEICDSPHQILDGENCTLIDALLGDPQCDGFQNKKWDLFVERSKAYSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFNNESFNWTGVTQNGTSSACIRRSNNSFFSRLNWLTHLNFKYPALNVTMPNNEQFDKLYIWGVHHPGTDKDQIFLYAQSSGRITVSTKRSQQAVIPNIGSRPRIRNIPSRISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIRSGKSSIMRSDAPIGKCNSECITPNGSIPNDKPFQNVNRITYGACPRYVKQSTLKLATGMRNVPEKQRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	25410.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

RGIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGRGQAADLKSTQAAIDCINGKLNRLIGKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFEKTKKQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDVYRDEALNNRFQIKGVSGLEVLFQGPGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	MEDI8852 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24413.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K

QVQLQQSGPGLVKPSQTLSLTCAISGDSVSSYNAVWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYRSGWYNDYAESVKSRITINPDTSKNQFSLQLNSVTPEDTAVYYCARSGHITVFGVNVDAFDMWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	MEDI8852 Fab light chain
分子量 formula_weight	22450.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,L

MTQSPSSLSASVGDRVTITCRTSQSLSSYTHWYQQKPGKAPKLLIYAASSRGSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	VRC35 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23909.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,c,e,g,i,k

QVQLRQWGAGLVKPGETLSVTCELYGDSLRDFYWTWVRQAPGKPLQWVGEINVALNYKYNPSVRMTISVDEPKNQFTLKIFYTTAADTATYFCARGRGTVATELAMWGPGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	VRC35 Fab light chain
分子量 formula_weight	24033.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,d,f,h,j,l

NIVLTQTALSAPVVLGQPASISCRSSETLHHSDGRTYLSWLHQGRGQPPRLLLYHISQRSFGVSDRISGRGAGTNFTLDISKVEPEDAGLYYCMQATQFPRTFGPGTVLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1780000

fit	/app/data/saxs_computation/om/9om5/9om5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/om/9om5/9om5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/om/9om5/9om5.dat

Composite map of six VRC35 Fabs and three MEDI8852 Fabs bound to influenza H3N2 Victoria 2011 hemagglutinin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 branched

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)