9ond

Crystal structure of E. coli ApaH in complex with ppAGG

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ond
沉积日期 deposition_date	2025-05-15
结构标题 title	Crystal structure of E. coli ApaH in complex with ppAGG
关键词 keywords	ApaH, symmetrical hydrolase, RNA decapping, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.34 Å
零角强度 I(0) i0	62061600.00
分子量 molecular_weight	60982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75968 Å³
包络体积 envelope_volume	89852 Å³
水化壳体积 shell_volume	29615 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.61 Å
包络 Rg envelope_rg	25.21 Å
形状 Rg shape_rg	25.40 Å
总 Rg total_rg	25.95 Å
总原子数 total_atoms	4321
残基数 n_residues	540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [symmetrical] ;
分子量 formula_weight	32160.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.41
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4595

MATYLIGDVHGCYDELIALLHKVEFTPGKDTLWLTGDLVARGPGSLDVLRYVKSLGDSVRLVLGNHDLHLLAVFAGISRNKPKDRLTPLLEAPDADELLNWLRRQPLLQIDEEKKLVMAHAGITPQWDLQTAKECARDVEAVLSSDSYPFFLDAMYGDMPNNWSPELRGLGRLRFITNAFTRMRFCFPNGQLDMYSKESPEEAPAPLKPWFAIPGPVAEEYSIAFGHWASLEGKGTPEGIYALDTGCCWGGTLTCLRWEDKQYFVQPSNRHKDLGEAAASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RNA ppAGG
分子量 formula_weight	1054.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,E

XGG

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	261

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	166.332 Å
晶胞边长 b length_b	54.824 Å
晶胞边长 c length_c	119.172 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	129.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	82.880 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2349

fit	/app/data/saxs_computation/on/9ond/9ond.fit
pddf	/app/data/pr_computation/on/9ond/9ond.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/on/9ond/9ond.dat

Crystal structure of E. coli ApaH in complex with ppAGG

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)