9op2

Crystal structure of E. coli ApaH in complex with Ap4GUAA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9op2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9op2
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9op2
沉积日期 deposition_date2025-05-16
结构标题 titleCrystal structure of E. coli ApaH in complex with Ap4GUAA
关键词 keywordsApaH, symmetrical hydrolase, RNA decapping, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.31
零角强度 I(0) i0119995000.00
分子量 molecular_weight57525.0 kDa
排除体积 excluded_volume55489 ų
包络体积 envelope_volume89509 ų
水化壳体积 shell_volume29474 ų
包络直径 envelope_diameter89.1
壳层 Rg shell_rg32.60
包络 Rg envelope_rg25.23
形状 Rg shape_rg25.29
总 Rg total_rg25.89
总原子数 total_atoms4362
残基数 n_residues538
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.5
Rg (实空间) rg_real25.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real1.2000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8839
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.363
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22510000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.982

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)